Кашгарский отчет Валиханова, затребованный срочно из архива, лежал на столе начальника Главного штаба генерал-адъютанта графа Гейдена, которому было поручено изучить вопросы кульджинского восстания. И возможно, не случайно именно Гейден докладывал 7 апреля 1865 года военному министру Д. А. Милютину о морах, принимаемых вследствие «вредного влияния, производимого на умы киргизов Семиреченской области штабс-ротмистром Валихановым». Никак невозможно перевести Валиханова в Западную Сибирь. Возражает командующий войсками Западносибирского военного округа генерал-лейтенант Хрущев: «…почет и уважение, которым пользуется род Валихановых между киргизами Сибирской степи, может породить также весьма вредные для спокойствия их последствия». Выход один: «…перевести штабс-ротмистра Валиханова на службу в какой-либо кавалерийский полк внутри империи, где по условиям окружающей его среды пребывание его не может повлечь за собой никаких вредных последствий».
Граф Гейден вышел от Д. А. Милютина с резолюцией: «Перевести в один из кавалерийских полков по выбору самого штабс-ротмистра Валиханова. Генерал-лейтенант Хрущев мог бы ныне же прислать его сюда курьером». 9 апреля распоряжение военного министра полетело телеграммой в Омск.
Почему Валиханов стал так вреден и опасен с точки зрения властей? Почему его торопятся выслать из Семиречья и категорически отказываются принять в Западной Сибири?
Дело в том, что начались подготовительные работы по выработке «Положения об управлении степных областей». Образована Степная комиссия, в которую, кстати, включен и Гутковский. Он, конечно, сразу напомнил о Чокане Валиханове; кто еще из ученых так глубоко, как Валиханов, знает историю казахского народа, его законы, обычаи, нравы? Левшин? Да, он когда-то первым записал «Жеты Жоргы». Мнением Левшина о реформе управления Степью действительно поинтересовались. Он высказался против отстранения султанов от власти, заявил, что султаны «готовое служить правительству». Возражал Левшин и против ликвидации управления по родам. Высказывания престарелого ученого, увы, не согласовывались со стремлением нарезать оренбургскую и сибирскую степь на уезды и лишить султанов сословных привилегий. Но если для правительственных реформаторов Левшин явно устарел, то Валиханов разве не близок им? Ведь он предлагал Колпаковскому не церемониться с киргизской властью, ослабить аристократический элемент. Да, кос в чем он близок этим реформаторам, и они одно время, под влиянием его «Записки о судебной реформе», собирались сохранить суд биев. Но… Но при всем при том, как только приступила к деятельности Степная комиссия, Валиханов сделался опасен своим вредным влиянием на умы казахов. Власти исходили из недавнего российского опыта подготовки и проведения крестьянской реформы. Слухи о готовящейся воле вызвали в России вспышку мужицких бунтов. То же самое может начаться и в Степи, как только по аулам помчится хабар, что власть султанов приходит к концу. Русское начальство могло не страшиться появления нового Кенесары. Время ханских мятежей миновало безвозвратно