Реагируя на просочившиеся сведения о новом ходе Кремля, 14 июля на встрече с руководством Российской академии естественных наук Ю. Лужков заявил, что отсутствие грамотных и квалифицированных управленцев в руководстве России в 90-е годы привело к хаосу в стране. Последующие дни Ю. Лужков, по некоторым сведениям, посвятил консультациям с различными политическими кругами столицы, результатом чего стал резкий информационный накат ряда СМИ на Кремль и ФСБ, к которому затем присоединил свой голос и сам мэр. Он публично объявил, что нынешняя власть опозорила себя попытками использовать силовые структуры в политической борьбе со своими оппонентами и должна уйти.
Кремлем этот «контрнакат» был воспринят явно панически. О чем свидетельствовали туманные высказывания Д. Якушкина и С. Степашина, которые от имени президента полупросили-полутребовали от политиков соблюдать такт и не допускать провокационных высказываний. Кремль как бы начал отыгрывать назад. Например, оправдывая поведение президентских структур, депутат К. Боровой объявил на пресс-конференции прокириенковской «Московской альтернативы», что Ю. Лужков нарочно подстроил и раздул историю с «Интеко», а ФСБ стало лишь жертвой коварства столичного мэра.
Еще одним приемом стала организация столкновений между Ю. Лужковым и Б. Ельциным к «информационной войне» между телекомпанией ОРТ, фактически принадлежащей Б. Березовскому, тесно связанному с ближайшим окружением президента, и телеканалом НТВ, входящим в медиа-холдинг В. Гусинского, играющего на стороне московского мэра.
Параллельно тому, как ФСБ пыталось рыться в белье Батуриных, ОРТ, в свою очередь, стало считать деньги в кармане В. Гусинского, обвинило его в том, что он якобы привел свой холдинг к банкротству и для того, чтобы выпутаться из этой ситуации, попытался в связке с рядом других финансовых структур обанкротить государство. (Холдинг В. Гусинского «Медиа-Мост» входит в число тех структур, которые, как уже отмечалось выше, обратились с письмом в Минфин, требуя погашения долга по облигациям Внешэкономбанка).
К тому же, как стало известно, в Кремле развернулась проработка плана лишения НТВ лицензии на телевещание. По слухам, А. Волошин даже сделал предложение вице-спикеру Думы М. Юрьеву (фракция «Яблоко»), занять пост вице-премьера, если тот согласится взять на себя задачу закрытия НТВ или национализации этого коммерческого канала. Новый министр по делам печати М. Лесин был вынужден задним числом специально опровергать подобные планы.
Параллельно ОРТ развернуло кампанию против руководства «Газпрома», которое-де спонсировало антипрезидентские СМИ («Медиа-Мост») в ущерб интересам акционеров. Силовые структуры начали финансовую проверку СМИ, входящих в «Медиа-Мост». Таким образом, кремлевская команда нанесла двойной удар — во-первых, по медиа-холдингу В. Гусинского (и, по сути, по группе Ю. Лужкова), а во-вторых, по «Газпрому» как акционеру «Медиа-Моста».