Череду побегов продолжил князь Дмитрий Вишневецкий: этому удалось добраться до короля, принявшего его как родного. Кстати, в случаях, когда побеги не удавались, за вельмож часто заступался не кто иной, как митрополит Макарий, просивший не наказывать их строго! После его кончины в 1563 году на заступничестве специализировался его преемник — митрополит Афанасий. После взятия Полоцка последний слишком рьяно хлопотал о литовских военнопленных, чем привёл в негодование Ивана ІѴ Нетрудно понять, что в подобной атмосфере эффективность боевых действий не могла быть высокой. На повестку дня в полный рост встала задача очищения власти от «верных слуг».
Старт был дан 3 декабря 1564 года, когда царь внезапно направился в село Коломенское под Москвой. Причём его отъезд не напоминал прежние, поскольку государь взял с собой иконы и кресты вместе с казною. Затем он проследовал в Александровскую слободу, прислав оттуда в адрес митрополита список, где указывались боярские измены и убытки, причинённые государству, начиная аж со времён его несовершеннолетия. Заметим, что царскую грамоту, а также обращение к купцам, мещанам доставили в столицу и огласили дьяки по фамилиям Поливанов, Михайлов и Васильев, а не кто-либо из литовско-украинских служивых. Спешно прибывшая в слободу столичная делегация пыталась урегулировать положение. В ответ Иван ІѴ требовал покарать виновных, имения их отобрать в пользу государства, учредив особый удел — опричнину. Кроме того, обвинил церковь и лично митрополита Афанасия в покрывании предателей. Как пояснял государь, его обиды и гнев ни в коей мере не касаются народа. Несомненно, это означало полный разрыв с прежним окружением. В Москве царь не пожелал находиться в Кремле и приказал выстроить дворец, куда переселился в самом начале 1567 года. Хотя в последующие годы он нечасто наезжал в столицу, предпочитая Александровскую слободу или поездки по стране.
Все эти события хорошо описаны в литературе: их традиционно квалифицируют как вероломство с изрядной долей умственного помешательства. Только в последние годы исследователи смогли осмыслить их иначе, не модернизируя средневековое сознание на современный лад. Это позволило понять, что у людей той эпохи действия Ивана ІѴ ассоциировались со Страшным судом. В контексте подобных представлений слово «опричники» означало не «кроме», как считалось ранее, а «избранные». Кстати, точно так переводили его иностранцы, рассказывавшие о Московии. Обратили внимание и на тот факт, что приказания о казнях давались царём главным образом во время пребывания в церкви. Ведь признание в грехах требуется не Всевышнему, которому и так всё известно, а самому грешнику. Да и сами казни в подавляющем большинстве через утопление или расчленение также не случайны: это отражало определённый религиозный смысл, связанный с исцеляющим свойством мук для грешников в преддверии Страшного суда, что малопонятно современному человеку. Даже возведение Опричного дворца велось в соответствии с видениями пророка Иезекииля о строительстве Божьего храма, изложенными в Ветхом Завете.