В доромановскую эпоху церковная жизнь руководствовалась принципом: мы держим веру христианскую, а не греческую. Это обеспечивало приоритет национального, когда общество пребывало в убеждении, что оно никому и ничему не обязано следовать, в том числе и грекам, православие которых к ХѴІ столетию, изрядно «заражённое» католицизмом, котировалось невысоко. Источник духовности Московии находился в народных слоях, а потому Ивану ІѴ претендовать на роль христианского царя Востока не было большого смысла. Романовы же разрушили эту реальность, перенеся религиозный центр тяжести на обязательное соответствие грекам.
Конечно, уже хозяйственно-собственнический напор иосифлян и завоевание ими командных высот в церковной иерархии наложили отпечаток на духовную жизнь. Однако в ХѴІ веке до полной и откровенной сдачи позиций дело не доходило. Тот же Стоглавый собор 1551 года, проходивший под контролем иосифлян, подтвердил представление о московской церкви как наиболее полно сохранившей предание веры Христовой. Опричнина же знаменовала серьёзный подрыв иосифлянских позиций. На Земском соборе 1566 года большинство настоятелей крупных монастырей уже отсутствовало, а численность духовенства составила всего около 8 процентов присутствовавших. И далее Иван Грозный постоянно держал церковь под давлением, не разрешая земельные вклады в монастыри, лишая их права покупать и брать в заклад недвижимое имущество. Ранее находившиеся в закладе земли конфисковались.
Церковной верхушке царь указывал на жалобы населения о том, что иерархи присвоили себе треть страны, развернули бурную торговлю, с людей любого звания берут «мыт» за проезд по монастырским землям и т. д. Интересно и другое: критика иосифлян шла и по линии веротерпимости к другим конфессиям, против чего настойчиво выступали последователи Иосифа Волоцкого. Пример здесь подавал непосредственно Иван Грозный. Как сообщают источники того времени, его нисколько не смущало присутствие в православной церкви приверженцев ислама. Выражавший недовольство подобной практикой митрополит Филипп был выгнан царём из храма. В другой раз на него наложили денежный штраф за какую-то обиду немецкому пастору, приехавшему в Москву и получившему разрешение посещать разные города.
Таким образом, опричнина задала тренд, определявший политическое лицо Московии вплоть до 1605 года, то есть до начала Смуты. И хотя репрессии после 1572 года спали, однако это не привело к восстановлению позиций литовско-украинского клана, остававшегося в подавленном состоянии весь этот исторический отрезок. После смерти Ивана Грозного в 1584 году на престол вступил его сын Фёдор Иоаннович, а главным субъектом власти была группировка, состоявшая из представителей коренных регионов страны. В ней выделялся Борис Годунов, чью родную сестру Ирину выбрал в жёны наследник. Конечно, такой расклад не сулил оттеснённым на вторые роли вельможам светлого будущего. Не случайно романовская историография изображает эти десятилетия в негативных тонах, а Фёдор Иоаннович не пользуется её симпатиями. Красноречива характеристика царя — ширококостный карлик с маленькой головой и огромным носом, а также ограниченными умственными способностями.