Московское правительство ратовало за сближение с теми, у кого было чему поучиться и позаимствовать знания. Не оставлена также мысль об овладении прибалтийскими берегами для беспрепятственного сообщения с Западной Европой. Как Иван Грозный хотел сделать из Ливонии вассальное королевство и назначал своей рукой королём датского принца Магнуса, так и Годунов для той же цели ещё при Фёдоре Иоанновиче завёл сношения с шведским принцем Густавом, изгнанным из своей страны. После 1598 года тот приехал в Москву: его сватали за дочь Бориса Ксению, но он не пожелал переменить веру. Тогда всплыла кандидатура брата датского короля, которого приняли с большой торжественностью, однако вскоре тот скончался. В 1604 году начались переговоры о браке Ксении с одним из герцогов шлезвигских, прерванные начавшейся Смутой.
Но узловым событием этого периода стал разгром романовского рода, о чём историки ХѴІІІ—ХІХ веков не пишут без гнева, адресуя проклятья Годунову. Тот не переставал видеть конкурентов в досточтимом семействе, которое, в отличие от него, было, как бы, связано кровными узами с домом Мономахов через первую жену Ивана Грозного Анастасию Романову — мать Фёдора Иоанновича. Сын её родного брата, то есть двоюродный брат царя Фёдор Никитич Романов с годами стал ближайшим к трону. Поэтому именно ему по легенде умирающий царь вручил знак державной власти — скипетр или посох, но выскочка Годунов обманом завладел престолом. Отсюда его злоба по отношению к Романовым, но гонение требовало предлога, дабы как-то прикрыть злодейский замысел. Вовремя подоспел донос от одного из дворовых людей Романовых, якобы те задумали отравить Бодунова. Проведённый обыск обнаружил мешок с кореньями для отвара зелья, и их арестовали со многими родственниками.
Следствие закончилось к июню 1601 года, и пятерых братьев Романовых — Фёдора, Александра, Михаила, Ивана, и Василия — сослали в разные регионы страны. Причём старшего, Фёдора Никитича, дабы исключить претензии на престол, постригли в монахи под именем Филарета, а его жену Аксинью — в монахини под именем Марфы. Пострадали также близкие романовской семьи через женскую линию — Шестуновы, Сицкие, Репнины и др. Их вотчины и поместья роздали, дома и имущество взяли в казну. Пережить несчастье удалось лишь двум из братьев — Филарету и Ивану Никитичам. Любопытна одна деталь: буквально тут же после осуждения благородного семейства на страну обрушивается несчастье. Разразился невиданный голод, начавшийся летом 1601 года, в августе случились заморозки, чуть ли не выпал снег, посевы уничтожены, масса пострадавших и умерших голодной смертью. Иными словами, за гонение на Романовых бог покарал московскую землю, сама природа протестовала против опалы невинных — такова официальная версия происшедшего, возведённая Карамзиным в ранг «канонической».