Грозные речи и писания Афанасия, конечно, должны были поразить сердце короля и сенаторов, и, вероятно, правительство по этому поводу выразило свое неудовольствие представителям православной партии на сейме, и «свои отцы старшие» взяли Афанасия, объявили помешанным и посадили под стражу. «Я, — пишет преподобный, — остался поруганным, осмеянным и оплеванным за то, что (прости им, Боже!) не докладывался им, защищая мольбы (как будто нужно докладываться в таких тайнах Божиих и сделал это по собственному хотению, а не воле Божией). О, горе! До чего дошло у мудрых на латинский образец. Уже нисколько не заботятся о вере и не слушают воли Божией, но, всецело надеясь на себя и на свой разум, творят свою волю и своих же угнетают». Снедаемый скорбью, что не только король с польской шляхтой, но и своя братия духовная не хочет поддержать великое дело успокоения веры православной, Афанасий, подражая Христа ради юродивым, притворился как бы безумным. Вышел из темницы нагим, имея на себе только клобук да параманд9 для показания своего звания, вымазался в болоте и, поражая себя посохом, бегал по улицам Варшавы и восклицал громким голосом: «Горе проклятым и неверам!»
Преподобный имел намерение вбегать в костелы и возглашать те же слова, но его догнали слуги владык, съехавшихся на сейм, и, втолкнув в болото, глубиной выше колен, продержали его до прихода с постоялого двора воза. Произошло это в марте месяце: страдалец терпел великую стужу. Еле живой на возу был доставлен во владычную гостиницу и снова кинут в заключение. По жалобе некоего Даниловича, архиерейского писаря, «старшие отцы судят» преподобного и, «не имея на это никакого права10, постановляют решение: лишают его игуменства и пресвитерства», затем препровождают его, как зачумленного, от одной духовной особы к другой и по окончании сейма отправляют на суд к Киевскому митрополиту, которым тогда был знаменитый Петр Могила.
Консистория митрополита оправдала Афанасия, и варшавское определение было уничтожено. «Когда я на суде, — замечает Афанасий, — припомнил, как меня в Варшаве водили от гостиницы к гостинице, отец Гизель11 сказал: «Как от Анны к Каиафе», то есть сравнил варшавский суд над Афанасием с судом первосвященников иудейских над Иисусом Христом.
Восстановленный в пресвитерском сане, преподобный неоднократно совершал святые литургии в Киеве, как в пещерах, так и в церкви Успения Богоматери, а когда православное Брестское братство вошло к митрополиту с просьбой вновь прислать на игуменство святого Афанасия, Петр Могила исполнил это ходатайство братчиков. В грамоте братству по поводу возвращения игумена митрополит ставил на вид, что преподобный посылается на игуменство «после надлежащего вразумления духовного за поступок, который всей Церкви