Российской причинил скорбь и трудности», и что Брестский игумен вперед «будет осторожней поступать в делах церковных, особенно же перед королем, его милостью, господином нашим милостивым и всем пресветлым его сенатом».
Вернувшись в Брест, святой Афанасий всей душой отдался монашеским подвигам с братией вверенного ему Симеонова монастыря. Но обстоятельства в Западной Руси слагались в то время так, что тихая и уединенная жизнь иноков постоянно прерывалась. Православные — как духовенство и монахи, так и миряне — терпели много притеснений за свою веру: не раз испытывали от своевольных школьников иезуитских и от униатских попов ругательства, позорные насмешки и битье, нападения и всякого рода бедствия. Один униатский архимандрит, насильно захвативши на большой дороге монахов, посланных к святому Афанасию из Купятицкого монастыря, священноиноку отрезал бороду, диакона раздел донага и обоих прогнал, а двух монастырских коней со всеми вещами грабительски присвоил себе. Дошло до того, что никому из монастыря нельзя было показаться на улицу, не подвергаясь ругательствам. «На каждом месте, — рассказывает святой Афанасий, — во дворах и судах, ругаются над нами и кричат на нас: «Гу-гу, русин, волк, схизматик, турко-гречин, отщепенец».
Так как канцлер Сапега считался покровителем (патроном) Брестского монастыря (обитель имела землю, им данную), то преподобный в 1644 году ездил к Сапеге в Краков и просил своего прежнего хозяина, чтобы он выхлопотал у короля охранный лист для православных жителей Бреста, которые не находят в судах защиты от притеснений со стороны униатов. Но гордый вельможа дал такой ответ преподобному: «Поп с попами подрался, а мне какое дело? Сделайтесь униатами и будете жить в покое».
Обиды и притеснения, которые отовсюду сыпались на православных, разумеется, не могли не волновать преподобного. В сильном возбуждении он становится на молитву перед Купятицкой иконой Богоматери и опять явственно слышит голос, исходящий от святой иконы: «Афанасий! Проси еще с помощью Моего образа на будущем сейме перед королем польским и Польским государством о полном уничтожении проклятой унии. Хорошо будет, если послушают и уничтожат ее: поживут еще счастливо в будущих летах».
Устрашенный видением, святой Афанасий пять дней был чрезвычайно слаб, не пил, не ел и все раздумывал о том, как ему поступить. Он знал, что смелые речи на сейме снова вызовут суд над ним и осуждение, и в то же время боялся нарушить волю Божию. Смущался великостью дела, которое на него, смиренного, возлагал Господь, и успокаивал себя тем, что даже ослица Валаама говорила некогда по воле Божией. Подобно другим инокам хотел бы преподобный сидеть в обители, молясь Творцу своему за себя и за всех властей, духовных и светских, а особливо за своих благодетелей, но, вынуждаемый волей Божией, он начал готовиться к генеральному сейму 1645 г. Преподобный Афанасий имел намерение, как в предшествующий сейм, поднести корою и сановникам в нескольких тетрадях снимок Купятицкой иконы Пресвятой