Крещением, позаботился еще и о том, чтобы им даны были священники и клирики для совершения богослужения и укрепления среди новообращенных истинно христианского учения. В 1560 году подвижник был свидетелем дивной помощи Божией на укрепление Православия, а врагам его на посрамление. В праздник Успения Пресвятой Богоматери он послал просфору и святую воду воеводам, стоявшим под городом Феллином. Как только посланный преподобным Корнилием прибыл к русскому войску, обложившему город, в последнем от русских ядер вспыхнул пожар, истребивший и снаряды, и весь хлеб неприятеля. Немцы были принуждены сдаться, а благодарные воеводы прислали в Печерскую обитель Богоматери феллинский колокол.
Однако во время вспыхнувших на Руси мятежей и нестроений, по окончании Ливонской войны, достохвальному и достоблаженному Корнилию пришлось много пострадать при всей своей ревности о славе святой обители и благе ближних. Клеветники и злые люди возвели страшное обвинение на Новгород и Псков: они говорили, что эти города хотят перейти к Литве и не признавать московского государя. Царь Иоанн Грозный поверил клеветникам, и ужасная кара обрушилась на Великий Новгород. Царь приехал сюда в 1569 году и приказал казнить новгородцев. В страшно неслыханных муках погибли тысячи невинного народа. Услышали псковичи о кровавой расправе новгородской и с ужасом ждали такой же участи. Царь явился в Псков в феврале 1570 года, но пощадил жителей. При этом вступлении Грозного в Псков его встречал преподобный Корнилий со всем освященным собором. Грозный проследовал в соборную церковь Живоначальной Троицы и слушал молебен, поклонялся мощам благоверного князя псковского Всеволода-Гавриила и дивился величине его меча, лежавшего на гробе. Избежав гнева Грозного царя в этот день, преподобный Корнилий скоро был замучен по его приказанию. «Повесть о начале и основании Печерского монастыря» выражается о его кончине так, что он «от тленного сего жития земным царем (Иоанном Грозным) предпослан к Небесному Царю в вечное жилище». Князь Курбский, как бы в пояснение приведенной краткой записи, со слов других говорит, что Грозный в один день раздавил преподобного Корнилия вместе с учеником его Вассианом Муромцевым каким-то мучительским орудием. Народное предание объясняет мученическую кончину подвижника так: он вызвал подозрения Грозного в измене тем, что построил без его разрешения каменные стены вокруг обители. Но возможно и то, что преподобный Корнилий принадлежал к числу тех немногих лиц, которые не молчали, видя зверства царя. В каком-то писании, до нашего времени, к сожалению, не дошедшем, преподобный изображал бедствия царствования Иоанна Грозного: «мятеж и нестроение в Русской земле, и разделение царств, и крамолу, и смерть, и людем переселение, и имению отъятие, и пожары великие по градам, и мор, и глад, нашествие иноплеменных». Если Грозный знал о таком настроении преподобного Корнилия, то станет совершенно понятна его мученическая кончина от жестокого царя. Мученическая кончина (20 февраля 1570 года) пресекла жизнь преподобного на 69-м году от рождения; настоятелем Псково-Печерского монастыря он был 41 год и два месяца.