Тело преподобного Корнилия было положено в монастыре, в стене некоей пещеры, и пребывало здесь невредимо 120 лет; в 1690 году Маркеллом, митрополитом Псковским и Изборским, со священным собором было перенесено из пещеры в соборную Успенскую церковь и поставлено в новом гробе к стене. В 1872 году, 17 декабря, при Павле, настоятеле Печерского монастыря, епископе Псковском и Порховском, мощи преподобного были переложены в медно-посеребренную раку, из которой при настоятеле Иннокентии были переложены в другую, подобную, но более благолепную. Память преподобному Корнилию совершается Церковью местно 20 февраля/4 марта, в день его мученической кончины.
Преподобный Корнилий, так много при жизни заботившийся о преуспеянии Православной веры в родном крае, был ходатаем за него и по смерти. Так, в 1581 году, во время нашествия на Псков польского короля Стефана Батория, одному благочестивому старцу, жившему в Пскове, в монастыре Покрова Пречистой Богородицы, было открыто в видении, как преподобный Корнилий вместе с преподобным Антонием, Киевским подвижником, сопутствовал Царице Небесной, шедшей на защиту Пскова, как умолял он Ее простить грехи людей и спасти виновный Псков. Молили также пощадить город и святые князья псковские Всеволод и Довмонт, святой князь Владимир Киевский и блаженный Николай Псковский. Молитва святых была услышана, и город Псков, несмотря на все усилия Батория, не был им взят.
Тропарь, глас 6
Псково-Печерская обитель, издревле славная чудесы иконы Богоматери, многия иноки Богови воспита, тамо и преподобный Корнилий подвигом добрым подвизася, чудную Богоматерь славя, иноверныя просвещая, иноки и многия люди спасая, обитель же свою дивно украшая и ограждая. Тамо и мученичества венец по многих летех пастырства своего доблестне прият. Темже воспоим, людие, Христа Бога и Пречистую Его Матерь возблагодарим, яко дарова нам преподобномученика славна и молитвенника о душах наших достоблаженна.
Кондак, глас 4
Светлый светильник Православия и сугубая Псковския земли защита был еси, многобожие искореняя и люди к Богу наставляя. Дом Богоматери тобою укрепися и прославися, добродетельми же украшен, венец мученика приял еси, поминай нас, чад твоих, у Господа, преподобномучениче Корнилие.
Ин кондак, глас 2
Из млада, Корнилие чудный, трудом и подвигом себе предав, игуменом Псково-Печерстей обители поставлен был еси, образом веры и постническаго жития всем быв, многия люди к Богу привел еси. За своя же великия добродетели завистию от злых гоним, мученически душу свою Богови предал еси. Того ради с верою возопиим: преподобномучениче Корнилие достославный, моли Христа Бога спастися душам нашим.