Ключевую роль в достаточно сложной композиции романа, а также в раскрытии его идейного замысла играет хронология событий произведения. Временной промежуток, через который события московских глав перекликаются с событиями ершалаимских, составляет 1900 лет. А в финальной части романа два времени и два пространства — московское и ершалаимское — сливаются воедино в потустороннем царстве Воланда.
Представители трех основных миров романа — московского, ершалаимского и вечного потустороннего — образуют своего рода триады, которые объединяет ролевое сходство, а также взаимодействие с персонажами своего мира.
Основная триада — Понтий Пилат — Воланд — профессор Стравинский. В ершалаимских главах все события контролируются прокуратором Иудеи.
«Князь тьмы» Воланд управляет развитием событий в московских сценах.
Директору психиатрической клиники Стравинскому подчиняются персонажи современного московского мира.
Вторую триаду образуют так называемые помощники: помощник прокуратора Афраний — помощник Воланда Фагот — первый помощник профессора Стравинского Федор Васильевич.
Следующая триада персонажей: кентурион Марк Крысобой — Азазелло — директор ресторана Арчибальд Арчибальдович. Их объединяют палаческие функции (реальные или воображаемые).
И наконец, триада женских персонажей: агент Афрания Низа — служанка Фагота Гелла — домработница Маргариты Наташа.
В романе можно выделить еще несколько функционально подобных персонажей, образующих триады. Это триада животных — любимец Пилата пес Банга — кот Бегемот — милицейская ищейка Туз-бубен; председатель Синедриона Иосиф Каифа — председатель МАССОЛИТа Берлиоз — неизвестный в Торсинге; предатели, враги Мастера и Иешуа Га-Ноцри — Иуда — Барон Майгель — Алоизий Могарыч; и, наконец, последователи Мастера и Га-Ноцри — Левий Матвей, ученик Иешуа — ученик Мастера поэт Иван Бездомный — член МАССОЛИТа поэт Рюхин.
Трехмерное пространство романа позволяет автору параллельно изобразить некоторые существенные эпизоды и описания. Так, описание сцены, где Понтий Пилат и его свита спускаются по мраморной лестнице, перекликается со сценой на балу у Воланда. В свою очередь толпа спускающихся по лестнице гостей напоминает толпу, сопровождающую идущих на казнь в Ершалаиме, а также толпу у касс Варьете.
Парадокс в том, что гармонию в мир несет Дьявол. В этом состоит великая трагедия человечества, когда услышать другого может лишь тот, кто сам является воплощением безверия и греха. Натворив много зла, свита Воланда в то же время карает ложь, пошлость и приспособленчество, возвращая к жизни честность и порядочность.