После гражданской войны Зыгин был окружным военным комиссаром в Пятигорске, около семи лет командиром — комиссаром полка, два года комендантом укрепрайона, свыше двух лет командиром стрелковой дивизии.
В начале Великой Отечественной войны он командовал 174-й стрелковой Уральской дивизией. В июле 1941 года дивизия успешно обороняла укрепленный район южнее Полоцка. Когда в одной из атак противник вклинился в оборону и захватил несколько дотов, Зыгин сам возглавил контратаку и восстановил положение. Однако противник обошел позиции дивизии с флангов и 19 июля завершил ее окружение. Дивизия продолжала отражать вражеские атаки до получения приказа на выход из окружения. В этой обстановке Зыгин проявил высокое командирское мастерство. Демонстрируя прорыв в одном направлении, он главные силы направил в другом. Дивизия вышла из окружения организованно, с полным вооружением. Вместе с ней прорвалась большая колонна автомашин 62-го стрелкового корпуса. За эти успехи в руководстве частями дивизии в сложной боевой обстановке Алексей Иванович был награжден орденом Ленина.
Высокие боевые и организаторские качества Зыгина отмечались и во время командования им 158-й стрелковой дивизией.
Эти подробности из биографии своего командарма я узнал позднее, а при первой встрече Зыгин говорил о себе очень скромно, больше нажимал на имеющиеся, по его мнению, недостатки в его работе и характере. А поскольку моя биография была несравненно проще, говорить о себе и мне долго не пришлось.
В этот день командарм представил меня командному и политическому составу управления армии. Здесь я встретился с начальником политотдела армии полковым комиссаром Сергеем Михайловичем Дурденевским и его заместителем старшим батальонным комиссаром Иваном Сергеевичем Крыловым, начальником штаба армии полковником Павлом Федосеевичем Ильиных, комиссаром штаба старшим батальонным комиссаром Николаем Николаевичем Бойцовым. Все они уже имели за своими плечами боевой опыт, прошли большую жизненную школу.
В конце дня был подписан приказ о моем вступлении в должность члена Военного совета 58-й армии.
— На сегодня пока хватит, — сказал командарм, — завтра с утра продолжим разговор о предстоящих задачах. Есть указания командующего фронтом, надо продумать, как их выполнить.
Он попросил, чтобы я не планировал на завтра никакой другой работы.
На следующее утро я зашел в домик командарма. Он вынул из сейфа рабочую карту и стал знакомить с дислокацией соединений и обстановкой на фронте.
В то время в состав армии входило пять полнокровных дивизий, в их числе три гвардейские, а также две танковые бригады, отдельные армейские части и подразделения.