Инкская империя возникла в результате многовековой адаптации к окружающей среде, открытий и складывающихся традиций. Первыми людьми, поселившимися в андском регионе, были охотники-собиратели, пришедшие с севера в эпоху, относительно которой у специалистов не существует единого мнения. В любом случае есть свидетельства того, что за 14000 лет до н.э. люди уже проживали в этой части Южной Америки, которая также является одним из наиболее древних мировых очагов возникновения сельского хозяйства. Действительно, некоторые растения, вроде фасоли или стручкового перца, выращивались здесь уже за 8000 лет до н.э. Одомашнивание лам и альпак закончилось примерно за 3500 лет до н.э. В III тысячелетии до н.э. в этом регионе выращивались уже практически все растения, известные в эпоху инков, но лишь к 1800 году до н.э. растениеводство перестало быть дополнением к охоте, рыбной ловле и животноводству, становясь основной экономической деятельностью.
На оседлый образ жизни древние перуанцы перешли, не дожидаясь наступления всецело сельскохозяйственной экономики, так что первые постоянные поселения возникают уже за 4000 лет до н.э. на побережье и в горных районах центрального и северного Перу. Примерно с 3000 года до н.э. прибрежные общины начинают возводить церемониальные центры, архитектура которых — наиболее древняя на континенте. Наиболее известным из таких поселений является Карал, отстроенный в долине Супе, который между 2600 и 1500 годами до н.э. занимал территорию в 50 гектаров. Его функция была главным образом церемониальной: если не считать нескольких жилых секторов и хлебных амбаров, 32 его окрашенные постройки являлись платформами, храмами и алтарями, причем шесть из них представляли собой огромные пирамиды. Экономика общин, которые строят эти церемониальные центры, основывается на рыбной ловле, дополняемой примитивным ирригационным земледелием и торговлей с далекими высокогорьями и Амазонией. Еще одно экономическое и культурное пространство возникло в центре северной части Перу, образовывая начальное географическое ядро андской цивилизации. Зарождение там цивилизации становится возможным благодаря целой совокупности экологических и географических факторов. С одной стороны — холодные воды течения Гумбольдта, пришедшие с Антарктики, снабжают прибрежное население исключительно богатыми морскими ресурсами. С другой стороны — цепь Анд в этой части Перу является как относительно узкой, так и очень высокой, что благоприятствует экономической взаимодополняемости между общинами, осваивающими ближайшие, но такие разные территории. Отношения обмена, которые возникают между этими общинами, производящими самую разнообразную продукцию, дают им продовольственную безопасность, что приводит к их непрерывному и продолжительному развитию.