На северном побережье Перу, в долине Пиуры, говорили на сечура и тальяне, из которых мы располагаем коротким перечнем слов. Мочика является единственным языком побережья, который был должным образом задокументирован (посредством письменной грамматики XVII века и нескольких наставлений новообращенным, опубликованных в колониальную эпоху). Вымер язык мочика, на котором говорили на побережье от долины Мотупе до долины Чикамы, но который был «основным языком» на значительно более широкой территории, в середине XX века. Он имел крайне ограниченный набор общих слов с кечуа и аймара — результат обоюдных заимствований — и глубоко отличался от них со структурной точки зрения. От долины Чикамы до долины реки Санта, в самом сердце того, что некогда было Империей чиму, говорили на кингнаме, из которого до нас дошли лишь несколько слов.
Язык кечуа не получил широкого распространения в горах севера Перу, даже несмотря на то, что в некоторых местах укоренился весьма прочно. В инкскую эпоху одним из наиболее значимых языков этого региона был кулье, которым пользовались в провинции Уамачуко и который известен нам лишь небольшим перечнем слов и топонимией. На восточных склонах Анд, к западу от реки Мараньон, в провинции Чачапойя, на не менее обширной территории, говорили на языке чача, — нам он знаком еще меньше, чем кулье. Языком чолон пользовались в той области, что простиралась от бассейна реки Мараньон до бассейна реки Укаяли, где сегодня находятся руины поселений ГранПахатен и Эль-Абисео. Народы, которые говорили на этом языке, судя по всему, держали под контролем торговлю между высокогорьями центральной части северного Перу и Амазонии. Чолон нам известен грамматикой колониальной эпохи.
Горные регионы, расположенные между реками Санта и Апуримак, были почти исключительно областью языков кечуа и аймара. На юге эти два языка или два лингвистических семейства «сосуществуют» со многими другими. Несмотря на то что инки говорили на кечуа и аймара, сохраняли они и свой собственный язык, который не пережил первых десятилетий колонизации, но оставил некоторые следы в лексике кусканского кечуа. Конкистадор Педро Писарро называет его «самым заумным из всех [языков Перу]», вероятно, намекая тем самым на то, что он был похож на два основных языка горной части Империи и был знаком разве что инкам, но не другим народам.
Также прописавшееся на юге могущественное племя колья, которое долгое время соперничало с инками, пользовалось языком пукина, который нам знаком лишь по нескольким письменным наставлениям новообращенных и спискам слов, позволяющих констатировать, что язык этот не был близок к аймара или кечуа. В XVI веке на пукина говорили на севере и востоке бассейна озера Титикака, в нескольких регионах современной Боливии, а также в зоне, тянувшейся примерно от Арекипы до Такны. Благодаря присутствию на столь обширной территории, пукина признавался испанскими колониальными властями четвертым «основным языком» Перу. Высказывалось предположение, что он мог быть языком Тиауанако.