Как уже говорилось, в подобной династической комбинации почти все те, кто был непосредственно причастен к расследованию дела царевича Алексея, в том числе и И. И. Бутурлин, не могли не выступить сторонниками воцарения одной из дочерей Петра I. Иную позицию занял ставший к тому времени вторым лицом в государстве А. Д. Меншиков, сумевший договориться о помолвке двенадцатилетнего великого князя Петра Алексеевича со своей старшей дочерью Марией.
Воспользовавшись свободным доступом к Екатерине I, Александр Меншиков добился сформирования 28 апреля 1727 года особой следственной комиссии, по итогам трехдневной работы которой группа бывших приближенных Петра I была обвинена в заговоре и предана очередному специальному судебному присутствию — Учрежденному суду. Центральными фигурами процесса стали первый генерал-полицмейстер Санкт-Петербурга сенатор граф А. Э. Девиер, граф П. А. Толстой и все бывшие «министры» Тайной канцелярии — И. И. Бутурлин, Г. Г. Скорняков-Писарев и А. И. Ушаков. Так Иван Иванович Бутурлин впервые в жизни оказался в статусе подследственного, а затем и подсудимого.
Расплата для «заговорщиков», преступление которых состояло в нескольких разговорах в узком кругу о нежелательности прихода к власти великого князя Петра, оказалась жестокой. 6 мая 1727 года Учрежденный суд приговорил Антона Девиера и Петра Толстого к смертной казни. В качестве дополнительных санкций осужденным назначались конфискация имущества, а также лишение чинов, титулов и орденов. Иван Бутурлин был приговорен к лишению чинов, орденов, пожалованных земель и к ссылке в свои деревни.
В тот же день Екатерина I утвердила приговор, и в тот же день Иван Иванович Бутурлин был исключен из списков Преображенского полка>{886}. А. Э. Девиеру и П. А. Толстому смертная казнь заменялась на пожизненную ссылку, а И. И. Бутурлин освобождался от конфискации пожалованных земель>{887}.
Остаток жизни Иван Иванович провел в небольшом родовом имении Крутцы Переславль-Залесской провинции. Об этом периоде жизни опального генерала известно лишь, что его вроде бы посещала в Крутцах цесаревна Елизавета Петровна, вотчиной которой являлась расположенная поблизости Александрова слобода[166], в которой она часто и подолгу бывала>{888}. Однако дождаться воцарения Елизаветы Петровны Ивану Бутурлину было не суждено.
31 декабря 1738 года И. И. Бутурлин скончался в своем родовом имении. Погребли его в подклете под алтарем Троицкого собора Успенского женского монастыря в Александровой слободе. Его могила сохранилась доныне и, спустившись в расположенную в подклете усыпальницу, можно разобрать надгробную надпись: