За год с небольшим, между смертью Марии Гиз и возвращением ее дочери, прежняя расстановка сил заметно изменилась, и наметились новые группировки, среди которых королеве следовало сделать выбор. Главой восстания против правительства Марии Гиз был герцог Шатлеро. Правда, этот нерешительный и малоспособный человек был лишь номинальным главой своего лагеря, но он мог опираться на поддержку могущественного клана Гамильтонов. Его сводный брат Джон Гамильтон, епископ Сен-Эндрюсский, умелый политик, возглавил умеренно консервативную группировку. Напротив, сын герцога «молодой Эрран» связал себя с крайними протестантами. Он строил расчеты на брак с Марией Стюарт и на переход королевы на сторону протестантской партии.
Несомненно, наиболее ловким из шотландских политиков был сводный брат Марии — Джеймс Стюарт, граф Мерей. Он был протестантом по вере и был убежден в политической полезности реформации для Шотландии. Мерей давал разумные советы своей сестре в начале ее правления. Впоследствии в самые драматические моменты Мерей будет неизменно отсутствовать. Его нельзя будет найти в числе заговорщиков и убийц. У Мерея всегда найдется железное алиби — настолько безукоризненное, что оно одно способно породить подозрения. Но это случится позднее. А в первые годы правления Марии ее брат — самый доверенный советник. Возникает только вопрос, не стремился ли Мерей, хорошо разобравшись в характере Марии, своими внешне столь безупречными рекомендациями побудить ее собственными руками нагромоздить для себя трудности. Мерей действовал в союзе с государственным секретарем Уильямом Мейтлендом, прозванным «Митчел Уили» — шотландское искажение имени Макиавелли. Оба они были сторонниками союза с Англией. Существовала и группа католических лордов. Признанным их лидером был граф Хентли, обладавший решающим влиянием на северо-востоке и отчасти севере страны.
Молодой католической королеве предстояло управлять протестантской страной. Мария «была проницательна, но довольно неосторожна, одарена большим умом и, однако же, не способна к последовательности и постоянству, — писал один из великих французских историков прошлого столетия М. Минье в своей «Истории Марии Стюарт». — Приветливая в обращении, порывистая, грациозная и страстная, безгранично доверяясь тем лицам, которые ей нравились, с пылкостью увлекаясь господствующими идеями, она обладала всеми прелестями женщины, не обладая в достаточной степени твердостью, необходимой для королевы». Наделенной недюжинной силой характера и храбростью, Марии не доставало ясного политического мышления, терпения, осторожности и особенно навыков ведения тайной войны. Потом Мария будет усердно изучать это искусство, без которого невозможно было удерживать в повиновении свору непокорных лордов, жадных до денег, почестей и власти.