Ночью 9 марта 1566 г. заговорщики ворвались в королевский дворец и на глазах Марии зарезали Риччио, умолявшего свою повелительницу о защите. Очень вероятно, что в расчеты лордов входило устранение и самой королевы. Они предполагали, что молодая женщина, которая должна была скоро родить, просто не выдержит леденящего ужаса этой мрачной ночи, направленных на нее мечей в покрытых кровью руках убийц.
Однако Мария уцелела, ей удалось искусным притворством привлечь на свою сторону Дарнлея и таким путем освободиться от подчинения заговорщикам, которые должны были вскоре бежать в Англию. 19 июня Мария родила сына — будущего короля Якова, что, казалось, еще более способствовало примирению супругов. Оно было только внешним. Мария не простила Дарнлею его предательства, и теперь, когда она с его помощью избавилась от опеки мятежников, не было больше нужды скрывать свои истинные чувства. Уже в августе и особенно в сентябре 1566 года все знали о разрыве между супругами. Прибывший на крестины принца Якова английский посол граф Бедфорд писал: «Невозможно из чувства приличия и ради чести королевы передать, что она говорила о нем». Дарнлей почуял опасность и поспешил уехать в Глазго, где было сильно влияние его отца.
Возможно, что ненависть и отвращение к Дарнлею были вызваны у Марии внезапно вспыхнувшим влечением к тридцатилетнему Джеймсу Хепберну, графу Босвелу, мужественному и беззастенчивому предводителю боевых отрядов, составленных из жителей пограничных районов. Стефан Цвейг в своей «Марии Стюарт» уделяет много внимания этой налетевшей как ураган непреоборимой страсти, которая превратила гордую и властную королеву в покорное орудие хищного честолюбца. Под гипнотическим взглядом своего любовника королева безропотно разыгрывает комедию нового примирения с Дарнлеем, выманивает его из безопасного Глазго и 9 февраля 1567 г. осуществляет план коварного убийства. Дом Кирк о’Филд около городской стены, в котором поместили Дарнлея, взлетел на воздух. Мария Стюарт за несколько часов до этого уехала в замок Холируд, чтобы присутствовать на свадьбе своих слуг. А вскоре королева выходит замуж за Босвела, которому для этого спешно устроили развод с первой женой.
Такова версия, которой придерживались враги Марии Стюарт и которую пересказывали сотни раз даже многие сочувствующие ей историки (конечно, в ином словесном обрамлении, с другими оценками и психологическими мотивировками поведения главных действующих лиц). Однако единственно несомненным в этой истории является убийство Дарнлея. Все остальное опирается на совсем не безусловные доказательства, покоится на достаточно произвольных предположениях, на домыслах, которые даже не учитывают некоторые бесспорные факты.