Все же если причины, побудившие Марию к амнистии убийц Риччио, допускают различное толкование, то этого нельзя сказать о некоторых других ее действиях. В течение всего времени после вступления в брак с Дарнлеем Мария не скрывала своей враждебности к протестантской церкви (в отношении которой ранее, как уже отмечалось, королева придерживалась сдержанно благоприятной позиции). В октябре же 1566 года происходит новый поворот. Издается королевский указ, направленный на увеличение доходов протестантского духовенства. Оно наделяется различными дарами, в том числе денежным подарком в 10 тыс. фунтов стерлингов. Трудно объяснить все это иначе, как стремлением заручиться поддержкой такой влиятельной силы, как протестантская церковь, в предстоящем политическом кризисе, который, по мнению королевы, должен был вскоре начаться. Правда, она не обязательно могла думать только о кризисе в результате убийства мужа и особенно последующего брака с Босвелом. Политические потрясения могли казаться ей вероятными и по другим причинам — мало ли их было в это бурное время в привыкшей к усобицам Шотландии?
Однако вряд ли можно говорить о других причинах еще одного хода Марии — восстановления прав католического архиепископа Сен-Эндрюсского Джона Гамильтона, которых его лишили в предшествующие годы. Это было сделано явно с той целью, чтобы он имел возможность развести Марию с Дарнлеем, а вероятно, также и Босвела с его женой. Эти поступки, по-видимому, свидетельствуют в пользу того, что Мария знала о заговоре против Дарнлея. Следует добавить, что сведения о нараставшей угрозе для жизни Дарнлея достигли и ушей иностранных дипломатов и разведчиков. О ней, в частности, был осведомлен французский посол Дюкрок, покинувший Шотландию за три недели до убийства. Сам же Дарнлей, как уже отмечалось, поспешил укрыться в относительно безопасном Глазго.
Таким образом, кое-что о заговоре было известно многим, и нет ничего удивительного в том, что к их числу принадлежала и Мария. Это, однако, еще не означает участие самой королевы в заговоре или даже знание каких-либо конкретных деталей подготовки покушения.
Большой знаток шотландской истории XVI века и автор специальной монографии о первом суде над Марией Стюарт Г. Доналдсон, взвешивая изложенные выше аргументы, склоняется к выводу, что Мария не принимала участия в заговоре или, по крайней мере, ее поведение легче объясняется, если исходить из этого предположения.
20 января 1567 г. в письме своему стороннику архиепископу Бетону в Париж королева упоминает о слухах, что Дарнлей в сообществе с несколькими лордами собирается короновать ее малолетнего сына и править от его имени. И в этот же самый день королева отправляется из Эдинбурга в Глазго, чтобы привезти оттуда больного мужа в столицу. Не очень правдоподобно, чтобы королева согласилась взять на себя роль приманки, с помощью которой заговорщики стремились заманить Дарнлея в Эдинбург. «Искренен ли был этот неожиданный переход от отвращения к трогательному участию, от ненависти к доброму согласию? — задавал вопрос французский историк М. Минье и отвечал: — Невозможно верить этому, если принять в расчет, что смерть Дарнлея, последовавшая чрезвычайно трагически через несколько дней, не причинила ей никакой печали, не оставила в ней ни малейшего сожаления, не внушила ей чувства мести, не заставила принять никаких судебных мер; если обратить внимание на то, что, в то самое время как она, по-видимому, примирилась с мужем, ее преступная связь с Босвелом продолжалась и что вскоре после того она сделалась женой этого отважного убийцы ее мужа». Если Мария намеревалась убить Дарнлея, почему она не попыталась это сделать в Глазго, руками своего доктора, а положилась на такой неверный способ, как взрыв здания в столице? — возражал Л. Мене-валь (см. Л. Меневаль, Правда о Марии Стюарт, Париж, 1877). С другой стороны, утверждение защитников Марии, что ею двигала жалость к больному мужу, тоже вряд ли способно кого-либо убедить, если вспомнить предшествовавшие этому отношения между супругами. Вероятно, объяснение можно найти в упорно ходившем слухе, что Мария снова должна была стать матерью и необходимо было узаконить ожидавшегося ребенка.