Мемуары расходятся в определении причин болезни Дарнлея. Одни считали ее результатом далеко зашедшего венерического заболевания, другие — следствием отравления. К последнему предположению присоединялись уже в XVIII веке видные шотландские ученые. Джилберт Стюарт (см. Дж. Стюарт, История Шотландии от утверждения Реформации до смерти королевы Марии, Лондон, 1782) считал, что королева знала о попытке отравления Дарнлея лордами и в ней проснулось сочувствие к мужу, ставшему жертвой ее врагов. Это и привело Марию к больному Дарнлею в Глазго. Его выздоровление и примирение с королевой естественно вызвали сильную тревогу лордов. Их безопасность оказалась несовместимой с дальнейшим существованием Дарнлея. В заговоре участвовал наряду с Мереем, Мортоном, Мейтлендом также и Босвел. Однако Мерей и Босвел строили при этом совершенно противоположные планы. Босвел после смерти Дарнлея стремился получить руку Марии и трон, Мерей надеялся захватить власть в свои руки.
Косвенные данные, возможно, говорят о том, что Марии не было известно о плане взрыва Кирк о’ Филда. Она была настолько потрясена известием, что несколько дней не принимала участия в делах. В течение значительного периода после гибели Дарнлея корреспонденция, подписанная королевой (за одним исключением — письма от 16 февраля), велась на английском, точнее на шотландском, а не, как обычно, на французском языке. Даже через месяц, 8 марта, когда английский посол получил аудиенцию, его приняли в полутемной комнате: вероятно, больная Мария поручила одной из своих фрейлин сыграть роль королевы. Можно, правда, лишь гадать, была ли вызвана эта болезнь нервным перенапряжением, раскаянием в содеянном или в том, что Мария не пресекла известные ей планы лордов, либо, наконец, опасением за будущее.
В официальном обвинении, предъявленном позднее Марии, говорилось, что она сама выбрала Кирк о’ Филд как резиденцию для Дарнлея. Это, судя по всем данным, не соответствует действительности. Показания людей, принадлежащих к различным партиям, свидетельствуют, что Мария первоначально собиралась перевести больного Дарнлея не в Кирк о’ Филд, а в Крейгмиллер. Кирк о Филд был избран самим Дарнлеем (на это обращали внимание многие исследователи, писавшие в XIX в., — француз Ж. Готье, немцы Б. Зепп, О. Карлова и др.). Г. Кардаунс высказывает предположение, что именно Балфур предложил Дарнлею остановить свой выбор на Кирк о’ Филде. Во всяком случае выбор был сделан Дарнлеем вполне добровольно и вопреки желанию Марии. Другие историки, например французы Ж. Пти (см. Ж. Пти, История Марии Стюарт, т. 2, Париж, 1875) и Л. Меневаль, соглашаются с мнением некоторых современников, что Кирк о’Филд был выбран Дарнлеем по совету Мерея. Надо учесть, что Кирк о’ Филд был расположен на высоком месте, а не в низине, как замок Холируд, и поэтому мог более подходить для больного.