В обвинении указывалось, что порох был сложен в спальне королевы. Это помещение было расположено непосредственно под комнатой Дарнлея, и Мария провела в своей спальне две ночи. А в покрытых мраком событиях 9 февраля по крайней мере очевидно одно — Кирк о’Филд, по единодушному свидетельству очевидцев, взрывом был буквально поднят на воздух, весь, включая стены, вплоть до камней фундамента. Поэтому в первые дни после взрыва господствовало мнение, что под дом была подведена мина. Об этом говорилось в письме, отправленном от имени Марии в Париж. Об этом же доносили английские дипломаты и агенты в Лондон. Мерей также сообщал, что дом «целиком подорван». По-видимому, брату королевы, вскоре снова возглавившему группировку, враждебную его сестре, еще не пришло в голову, насколько это заявление не согласуется с утверждением, что порох находился не в подвале, а в опочивальне Марии Стюарт. Непонятно также, почему заговорщики так долго медлили со взрывом, ставя под угрозу все предприятие: ведь порох в комнате королевы мог быть обнаружен в любую минуту. Размеры взрыва невольно заставляют задать вопрос, действительно ли заговорщики метили только в Дарнлея? Не проще ли было избавиться от него с помощью яда — ведь доказать преступление при тогдашнем состоянии медицины было бы фактически невозможно и подозрения (которые часто сопровождали в те времена даже естественную смерть влиятельных политических деятелей) так и остались бы подозрениями.
Значительно легче объяснить известные факты, предположив, что целью заговорщиков был не только Дарнлей, но и сама королева. Были ли у лордов в начале 1567 года основания стремиться к ее устранению? Ответ может быть только положительным. Да, основания были, и большие, чем во время убийства Риччио, когда, по крайней мере, часть заговорщиков предполагала избавиться также и от Марии. Рождение сына в известном смысле ослабило позиции королевы, теперь ее смерть не вызвала бы споров о наследовании престола. Более того, она обеспечивала интересы протестантской партии — Якова воспитали бы сторонником реформированной церкви, а не католиком, как это предполагала, конечно, сделать его мать. Малолетство Якова позволяло честолюбцам вроде Мерея долгие годы управлять страной. Убийцы Риччио рассчитывали, устранив королеву, править, прикрываясь именем недалекого Дарнлея. Теперь же, вернувшись из изгнания, не решили ли они осуществить старый план с тем только изменением, что, убрав с пути королеву и Дарнлея, воспользоваться куда более удобной марионеткой — Яковом? Мысль, что мишенью заговорщиков был не только Дарнлей, но и королева, казалась очень правдоподобной современникам. Ее высказывали не только сторонники Марии Стюарт вроде упомянутого архиепископа Бетона, но и английская агентура в донесениях Уильяму Сесилу.