Судя по всему, Томасу Кобгему было поручено наблюдать за перепиской Норфолка, находившегося фактически уже с октября 1569 года в Тауэре. Свою работу Кобгем совмещал с одалживанием денег под поручительство Норфолка, которому и пришлось потом удовлетворить претензии кредиторов. Судя по показаниям секретаря Норфолка Хикфорда, Кобгем занимался не только переправкой писем к Норфолку и Лесли, в частности, от Ридольфи, но и выведыванием любой информации о планах и действиях противников Сесила. О причинах столь неумеренной любознательности нетрудно догадаться, хотя надо оговориться, что, по-видимому, не сохранилось письменных доносов Томаса Кобгема Сесилу.
Томас Кобгем действовал не в одиночку. В официальном рассказе о поимке Байи сообщается, что просьбу Томаса Кобгема переслать захваченные письма епископу Росскому активно поддержал присутствовавший при этом некий Френсис Бэрти, состоявший в свите прелата. Бэрти вызвался отнести их епископу. Уильям Кобгем согласился, но запечатал пакет своей печатью и поставил условием, чтобы пакет вскрыли в его присутствии. Не лучше ли было тогда просто самому отнести их послу Марии Стюарт, не прибегая к услугам Бэрти? Между тем поведение Бэрти, в том числе и его тесная связь с Уильямом и Томасом Кобгемами, возбуждает сильное подозрение, что и он являлся соглядатаем лорда Берли.
И наконец, сам лорд Уильям Кобгем. Он совершил, если верить официальной версии, тяжкое преступление, сотрудничая с иностранным послом и изменниками (правда, еще не объявленными таковыми) против собственного правительства и обманывая главного министра королевы. Берли, бывало, прощал своих врагов, если они не были ему опасны, однако он не знал снисхождения к участникам заговоров против Елизаветы. Правда, Уильям Кобгем подвергся наказанию, но как раз такому, как если бы он совершил не действительное, а лишь видимое преступление, которое нужно было скрыть. Губернатор был арестован, но содержался под стражей в доме лорда Берли. 19 октября 1571 г. Сесил писал графу Шрюсбери (которому Елизавета приказала стать тюремщиком Марии Стюарт): «Милорд, Кобгем находится как арестант в моем доме, иначе его надо было бы заключить в Тауэр. Я очень любил его и поэтому огорчен совершенным им преступлением». Правда, позднее Уильяма Кобгема все же перевели в Тауэр, но на короткое время. Заключение могло быть совсем не суровым: в главной государственной тюрьме были самые различные помещения — от холодных темных казематов до комфортабельных дворцовых помещений, в которых временами поселялись сама королева и ее придворные. А после освобождения… Кобгем вернулся на свой пост губернатора южных портов, на котором вряд ли бы сохранили действительного сообщника Марии Стюарт и Норфолка.