В августе заговорщики получили известие, что слуга Балларда, знавший все их секреты, был правительственным шпионом. Бабингтон, пытаясь спастись, отправляет письмо Пули с просьбой известить от его имени Уолсингема, что существует заговор и он готов сообщить все подробности. С этим письмом Пули направляется к Уолсин-гему — на этот раз арестовывают самого посредника! Нет, Уолсингем в общем-то не сомневался в верности Пули и все же считал, что на того слишком большое впечатление производили богатство и щедрость Бабингтона. Такие превентивные аресты Уолсингем не раз практиковал в отношении своих людей. Так что Пули ненадолго был отправлен в Тауэр, а слежку за Бабингтоном продолжали другие агенты.
…Бабингтон ждал — проходили часы, а его письмо оставалось без ответа. Арестовывают Балларда и еще нескольких заговорщиков. Бабингтон пишет еще одно письмо Уолсингему. Ему сообщают, что ответ последует через день-другой. Вечером, ужиная с одним из сотрудников Уолсингема, Бабингтон заметил, что тому передали записку. Заглянув краем глаза в бумагу, глава заговора увидел, что в ней содержался приказ не выпускать его из поля зрения. Медлить более было нельзя. Он незаметно вышел из комнаты, оставив свой плащ и меч, и помчался к друзьям; переодевшись в одежду бедняков, они попытались скрыться. За ними следовала погоня, и через несколько дней их арестовали. Одновременно был произведен обыск у Марии Стюарт, захвачены секретные бумаги, взяты под стражу ее секретари. Мария была переведена в другую тюрьму, где находилась в строжайшем заключении.
Разумеется, показания заговорщиков, что их подтолкнул к государственной измене Джилберт Джифорд, были тщательно скрыты английской полицией. Между прочим, он, находясь во Франции, получил от Фелиппеса полу-дружеское, полуиздевательское предупреждение, что его, Джифорда, самого подозревают в участии в заговоре. Джифорда охватила паника — люди Уолсингема могли донести на него французским властям, после чего ему было бы не сдобровать, а возвратясь в Англию, Джифорд вполне мог попасть в лапы юстиции, которая, как это случалось порой, возможно, закрыла бы глаза на то, чье поручение он выполнял, провоцируя покушение на Елизавету. Опасения разведчика оказались, впрочем, необоснованными…
13 сентября Бабингтон и шесть его помощников предстали перед специально назначенной судебной комиссией. Через два дня за ними последовали остальные заговорщики. Все подсудимые признали себя виновными, поэтому не было нужды представлять доказательства относительно организации заговора. Елизавета не удовлетворилась присуждением заговорщиков к «квалифицированной» казни и спросила, нет ли чего-нибудь пострашнее. Лорд Берли должен был разъяснить своей повелительнице, что намеченная кара более чем достаточна для любого преступника.