Война против Франции, начатая еще при Марии Тюдор без всякой подготовки, была неудачной. В 1558 году англичане лишились своего последнего опорного пункта на континенте — французского города Кале, который был ими завоеван еще в XIV веке. Трокмортон получил инструкцию выразить согласие с Като-Камбрезийским договором. Вместе с тем посол должен был действовать исходя из того, что главными непосредственными задачами английской политики были выдворение французов из Шотландии и возвращение Кале. Трокмортону были даны поручения, явно не укладывавшиеся в его дипломатические функции, — точно разузнать, что собираются предпринимать Гизы в отношении Шотландии (притом, чтобы они сами не проведали о чрезмерной любознательности английского посла). Трокмортон должен был также устроить побег из Франции шотландского графа Эррана, имевшего права на шотландский престол. Однако Трокмортон свои задачи понимал еще шире. Он один из первых почувствовал, какие выгоды может извлечь для себя протестантская Англия, поддерживая протестантские силы в различных странах Европы, и прежде всего французских гугенотов. Помощь протестантам в надвигавшейся религиозной войне во Франции могла стать наилучшим способом к достижению внешнеполитических целей Лондона.
Едва Трокмортон обосновался в Париже, как Генрих II в начале июля был смертельно ранен, участвуя в рыцарском турнире. Через несколько дней король скончался, на престол вступил его сын Франциск II, муж Марии Стюарт, а Гизы установили полный контроль над правительством и подготовили посылку значительных французских подкреплений в Шотландию. Тревожные депеши Трокмортона Сесил использовал, чтобы сломить сопротивление Елизаветы против плана английской вооруженной интервенции в Шотландии. Осенью 1559 года Трокмортон был отозван, в марте следующего года начались военные действия. Превосходство англичан на море заставило Гизов согласиться на эвакуацию французских войск из Шотландии — таковы были условия Эдинбургского договора, добиться ратификации которого Марией Стюарт было поручено Трокмортону, снова отправившемуся для этой цели в Париж. К этому времени Трокмортон был уже заметной-фигурой на европейской дипломатической сцене. Впрочем, его акции в глазах английской королевы были бесповоротно подорваны непрошенными и бестактными советами, которыми продолжал докучать ей сэр Николас. Дело мало менялось, если эти советы преподносились под видом разведывательных донесений, в которые включались скандальные слухи, ходившие об Елизавете при французском дворе.