Другим активным разведчиком тех лет был Генри Киллигрю, посланный во Францию для связи с гугенотами. Сэр Генри в известном смысле являлся противоположностью Николасу Трокмортону. Увлекаемый страстями, Трокмортон не раз шел собственными путями, которые вызывали неудовольствие королевы и ее министров. Киллигрю, напротив, был идеальным, почти безликим слугой тюдоровской монархии, всегда послушным, ничем не отвлекаемым в своем усердии, готовым без малейших угрызений совести на любые действия, включая убийство, если только оно соответствовало государственным интересам в том смысле, какой вкладывали в это понятие Елизавета и ее советники. Мария Стюарт оказала Киллигрю во Франции важные услуги, так же как и Трокмортону, который запомнил это и пытался совместить преданность Елизавете с поисками политики, которая не вредила бы и шотландской королеве. Иное дело Киллигрю. Он сразу же с холодной ненавистью стал самым непримиримым ее врагом — ненавистью, целиком вызванной трезвым политическим расчетом. Однако во Франции и Трокмортон и Киллигрю еще действовали в полной гармонии для осуществления целей явной и тайной дипломатии елизаветинского правительства. Уже в июле 1559 года Трокмортон многозначительно известил королеву, что Киллигрю сослужил ей «многими различными способами столь добрую и трудную службу, что заслуживает хорошей награды».
В Лондоне считали, что герцог Гиз, обладавший большим влиянием при французском дворе, постарается силой поддержать притязания своей племянницы Марии Стюарт. Вдобавок в Шотландии уже находилось некоторое количество французских войск. Задачей английской секретной службы поэтому стало всяческое поощрение политической и религиозной оппозиции и в Шотландии и во Франции. Трокмортон и Киллигрю вполне подходили для выполнения часто весьма щекотливых поручений, связанных с такой политикой. В июле 1559 года Киллигрю удалось устроить бегство из Франции графа Эррана, который был нужен английской разведке в Шотландии. Киллигрю действовал вместе с английскими разведчиками Томасом Рэндолфом и Ричардом Тремэйном.
Через месяц, в августе, Киллигрю установил контакт с Антуаном, королем Наварры, возможным руководителем французских протестантов. Одновременно Киллигрю собрал и направил в Лондон подробную информацию о французской эскадре, которая под командой маркиза д’Эльбефа в январе 1560 года отплыла в Шотландию. Буря рассеяла эту эскадру, что было большой удачей для Англии.
Трокмортон, Киллигрю и ряд других английских агентов деятельно участвовали в подготовке широкого заговора французских протестантов. Вернувшись в Лондон в конце февраля 1560 года, Киллигрю мог доложить о предстоящих важных событиях во Франции. Речь шла о знаменитом Амбуазском заговоре, посредством которого глава протестантов принц Конде решил захватить в свои руки короля Франциска II и лидеров католической партии — Гизов. Главным организатором заговора был Жан Дю Бари де ла Реноди, который выполнял поручения не только Конде, но и английской разведки.