Помимо работы в госпитале, медицинская служба рыцарей велась также на море. Ни одна галера или парусник ордена никогда не выходили в море без врача, хирурга и помощника хирурга. На кораблях ордена было меньше болезней, чем на флоте других стран, поскольку там всегда с большим вниманием относились к требованиям чистоты и гигиены. Соблюдение их само по себе было довольно трудно, потому что на средней галере (ее длина между перпендикулярами составляла не более 125 футов) должны были создаваться условия для 500 человек. Там было 30 или 35 рыцарей, 300 или больше гребцов и 200 солдат, а также какое-то число моряков, профессиональный лоцман и техники – плотники и такелажники. Неудивительно, что великая чума была занесена в Европу на венецианских галерах из Египта, сделавших первый заход на Сицилию. Записи ордена показывают, что даже с учетом внимания его членов к медицинским требованиям на кораблях были часты случаи лихорадки. Поскольку медицинская терминология находилась в зачаточном состоянии, почти невозможно узнать, что такое «дурная лихорадка». Не исключено, что это малярия, которая часто наблюдалась в портах Средиземноморья до XX века. На мальтийских галерах встречалась средиземноморская лихорадка, передаваемая с козьим молоком. Эта болезнь была так широко распространена на острове, что долгое время в Европе ее называли мальтийской лихорадкой.
Больным заразными, а также венерическими заболеваниями не разрешали подниматься на борт кораблей рыцарей. Правда, имея начальные медицинские знания и вовремя проходя обследование, некоторые страдальцы, вероятно, все же попадали на борт и заражали здоровых. Несмотря на то что голова гребцов была выбрита, вши и блохи не могли не появиться в условиях такой большой скученности на галере. Галера, очень красивый корабль, если смотреть на него на расстоянии – флаги, яркие краски, изящные линии, на самом деле была рассадником болезней.
Один наблюдатель писал: «Нет необходимости далеко ходить, чтобы найти разительный контраст с внешним обликом галеры. Галера радует глаз своими внешними формами и быстротой скольжения по воде, но одновременно оскорбляет нос жуткой вонью и всем своим внутренним видом являет пример нужды и мучений…» Только когда паруса наконец окончательно взяли верх над веслами, стало возможно, благодаря увеличившейся ширине и осадке судов, создать более здоровые условия и офицерам, и команде. Юные отпрыски знатных европейских семейств, которые прибыли на Мальту и выходили в свои первые караваны на галерах, очень скоро познакомились с тяжелой жизнью, не известной даже европейским крестьянам того периода.