Во время недолгого правления его преемника, Франсиско Ксименеса из ланга Арагона, проявилось растущее недовольство мальтийцев своими феодальными господами. В прошлом, как бы сильно им ни нравилось положение второсортных граждан на собственном острове, им все же нравилось процветание и слава, которую их маленький остров приобрел при рыцарях. Мальтийские моряки и купцы, посещавшие другие средиземноморские страны, не могли не замечать, в какой нужде и лишениях живет народ. Однако в последние годы, когда corso практически перестали существовать и налоговое бремя, испытываемое мальтийцами, становилось все тяжелее, они постепенно стали видеть в своих хозяевах тиранов. Налог на хлеб, всегда бывший основным продуктом питания мальтийцев, был неосмотрительно введен Ксименесом. Еще одним оскорблением (если не раной) стал эдикт, запретивший духовенству участвовать в светских мероприятиях, в первую очередь спортивных. Каменистые мальтийские острова давали мало возможностей для спорта и других времяпрепровождений на свежем воздухе, и величайшим удовольствием для приходских священников всегда считалась охота на перепелок и других птиц во время их миграций – весной и осенью. В результате местное духовенство возглавило заговор, направленный на свержение власти рыцарей, и 17 сентября 1775 года началось восстание. Флот ордена был в море, участвовал в блокаде Алжира, и, воспользовавшись этим, мятежники сумели захватить одну из главных оборонительных позиций в Валетте – форт Святого Эльма. Несмотря на первоначальные успехи, мятеж не поддержала основная часть населения острова. Несколько сот участников были арестованы, нескольких человек казнили, кое-кто был приговорен к пожизненному заключению. Восстание провалилось, однако сама попытка показала, куда дует ветер. Даже смерть в том же году непопулярного магистра Ксименеса не смогла скрыть тот факт, что дни рыцарей на Мальте сочтены. Попытки энергичного и мудрого преемника Ксименеса, которого звали де Роган, уже ничего не могли изменить. Невзирая на существенные реформы, разумное изменение законодательства и создание общественных школ, де Роган не сумел вернуть ордену финансовую и административную опору, способную выдержать грядущий шторм. И первой его причиной явилась Французская революция.
Ясно, что аристократический рыцарский орден не мог не быть анафемой для французских революционеров, и так же неизбежно, что орден стал на сторону Людовика XVI, пытающегося сохранить трон. Когда в 1789 году министр финансов короля Жак Неккер обратился ко всем землевладельцам с просьбой внести добровольный вклад, орден святого Иоанна был первым, сделавшим это. Он отдал в королевскую казну треть доходов французской командерии. Этого в дальнейшем оказалось достаточно для уничтожения ордена. Но ошибка рыцарей усугубилась, когда они обещали кредит на сумму 500 000 франков, чтобы помочь королю бежать. Бегство Людовика, закончившееся катастрофой в Варение, стало предвестником смерти ордена на Мальте. Французское Национальное собрание теперь объявило, что орден является иностранной державой, владеющей собственностью во Франции, и потому обязан платить те же налоги, что все французские граждане. Вскоре после этого был издан еще один декрет, постановивший, что любой француз, принадлежащий к рыцарскому ордену – а рыцари при вступлении в орден должны представить доказательства своего высокого происхождения, – не может считаться французским гражданином. Было официально решено, что вся собственность ордена святого Иоанна на территории Франции автоматически аннексируется и становится собственностью Франции. Топор ударил по корням древнего дуба.