Даже если не говорить о рельефе местности, крайне неудобном для большой армии вторжения, само географическое положение Мальты были выгоднее, чем Родоса. Находясь в 500 милях от греческого Пелопоннеса и на таком же расстоянии от столицы султана, флот будет растянут на 1000 морских миль. Конечно, некоторые запасы будут доставлены из Северной Африки и из Триполи, который теперь был в руках мусульман. Но главный путь снабжения все равно будет проходить через Ионическое и Эгейское моря. Туркам придется везти практически все необходимое – не только людей, орудия и порох, но также ткани для парусов и палаток, а также такие элементарные вещи, как дрова для приготовления пищи и палки и прутья для траншей, если, конечно, им удастся выкопать их в каменистой земле острова. Мальта, хотя над строительством ее укреплений и не трудилось несколько поколений рыцарей, сама по себе была естественной крепостью.
Правителем Испании стал Филипп II. Поскольку Мальта была испанским даром и, в сущности, территорией, зависимой от испанской Сицилии, ла Валетт первым сообщил о надвигающейся атаке именно Филиппу II через посредничество дона Гарсия де Толедо, сицилийского наместника. В апреле 1565 года последний отправился на Мальту с флотом из 27 галер, но, если рыцари ордена надеялись, что им доставят подкрепление, им пришлось испытать глубокое разочарование. Наместник привез только одно – обещания. В конце концов у него был собственный, намного более важный остров, о котором он должен беспокоиться в первую очередь. Мальта – передовой оборонительный рубеж – должна продержаться как можно дольше, чтобы Сицилия – следующая цель султана – успела подготовиться. Действия дона Гарсии, точнее, их отсутствие в последующие месяцы всегда изображались историками ордена как действия слабого и злого человека, который желал бы видеть орден в упадке. Дело в том, что он по должности был вынужден думать прежде всего о Сицилии. Он уже попросил у Филиппа II 25 000 пехотинцев. А то, что они так и не прибыли, едва ли можно ставить в вину дону Гарсии.
В начале осады в ордене было около 540 рыцарей с оруженосцами. Они были распределены по трем главным позициям: Биргу и Сант-Анджело, Сенглеа и Святой Михаил и форт Святого Эльма. Под командованием ла Валетта было еще около 1000 испанских солдат и аркебузиров, а также 3000 или 4000 мальтийских ополченцев. Последние должны были сформировать ядро сопротивления и при помощи городского населения и крестьян (они собрались в городе, как только началась осада) сыграть важную роль в победе, которая сделает их остров известнее всех остальных на Средиземноморье. Позже Вольтер писал, что нет ничего известного лучше, чем осада Мальты. Этот остров располагался близко к Европе и имел больше значения для европейцев, чем далекий Родос, который в это время даже не был европейским. Эгейское море издавна считалось принадлежностью Византийской империи, но было временно латинизировано, а потом сдано туркам. Но Мальта, так близкая к Сицилии, контролирующая основные торговые пути Средиземноморья, – совсем другое дело. Западная Европа, несмотря на все свои внутренние разногласия, была едина в страхе перед турками, перед Османской империей, пребывавшей в зените своего могущества. Владения султана раскинулись от Персидского залива до Австрии, и было очевидно, даже учитывая ограниченные стратегические концепции XVI века, что утрата Мальты приведет к утрате Италии. А после этого что может помешать турецкой оккупации всей Европы? По этой причине осада Мальты приобрела широкую известность. О ней писали хроники, сочиняли баллады и песни уже после того, как другие осады были позабыты.