В пятницу 18 мая 1565 года османский флот был замечен с башен фортов Святого Эльма и Сайт-Анджело. По морю двигался бесконечный лес мачт, направлявшийся к южной части острова. Ла Валетт послал шевалье де Ромегаса, адмирала галер, с четырьмя кораблями на разведку. О том, чтобы корабли ордена вступили в бой с турецким флотом, вопрос не стоял, хотя Ромегас, один из величайших капитанов, когда-либо состоявших в ордене, безусловно, хотел бы попытаться отбить несколько отставших кораблей противника. Сначала предполагалось, что турки захотят бросить якорь в гавани, расположенной на юге острова, – Марсасирокко (Марсашлок), «Гавани южного ветра». Однако они прошли мимо и бросили якорь в маленькой бухте у деревушки Мгарр, на северо-западной оконечности Мальты. Это могла быть не более чем военная хитрость, или, что представляется более вероятным, турки хотели выяснить, есть ли другая подходящая гавань, о которой они не знали, на западе острова. Великий магистр немедленно послал маленькую лодку на Сицилию с сообщением: «Осада началась. Турецкий флот насчитывает 200 кораблей. Ждем помощи». Прошло много месяцев, прежде чем рыцари получили ее.
В течение 12 часов стало ясно: турки пришли к заключению, что южная гавань им подходит больше, поскольку эскадры одна за другой стали возвращаться в Марсасирокко, следуя, хотя едва ли они это знали, практике финикийских мореплавателей, которые двумя тысячелетиями ранее устроили там свою главную базу для путешествий на север, к Сицилии. Гавань, как и предполагает ее название, была открыта на юг, и, поскольку южный ветер, сирокко, редко дует летом, она идеально подходила для главной базы турецкого флота на протяжении всей последующей кампании. Впоследствии из-за желания иметь бухту, защищенную со всех сторон, турецкое верховное командование разделилось.
За несколько дней основные силы османской армии высадились на берег, и сразу начались стычки между передовыми отрядами турок и конными рыцарями. Как и в двух осадах Родоса, не было сделано попытки удержать захватчиков на берегу и не дать проникнуть вглубь острова. Впоследствии многим историкам это казалось удивительным. А ведь причина этого проста: защитников острова было слишком мало, чтобы решить эту задачу. К тому же их все равно обошли бы с флангов. Маленький дисциплинированный отряд рыцарей был предназначен для борьбы внутри фортификационных сооружений, заставляя врага из кожи вон лезть, чтобы пробить стены. Это всегда было основной причиной строительства крепостей и появления теории защиты укрепленных мест против превосходящих сил противника.