Замужество Маргариты значительно отразилось на судьбе французской Реформации. Ее брак не позволял ей жить при дворе Франциска I и, стало быть, непосредственно влиять на политику брата. Могущественная заступница и покровительница гуманистов и протестантов, какой была Маргарита все это время, переселилась теперь в далекое пограничное королевство — Наварру. И вместе с ней из французского двора уходило Возрождение в его лучших формах. К 1527 году завершился тот период в жизни Маргариты, когда она была вторым человеком Франции, — период наибольшего влияния на Франциска.
Наступил «наваррский» и, может быть, самый плодотворный период ее жизни. Период отдаления от парижского двора, от «большой» политики ее брата, период погружения в дела ее крошечного королевства и в дела семейные, период размышлений, творческих исканий и подведения итогов.
Вновь овдовев в 1543 году, Маргарита стала полной правительницей Наваррского королевства, а ее двор превратился в центр культурной жизни Франции. В замках Нерака и По — резиденциях Маргариты забурлила небывалая дотоле умственная жизнь, для Наваррского королевства наступила эпоха Возрождения. Став королевой Наварры, Маргарита собрала при своем дворе в Нераке кружок гуманистов. С неракским замком этого времени связаны имена крупных французских поэтов, ученых, художников, реформаторов, которые, не найдя приюта в большом государстве Франциска I, нашли пристанище в маленьком королевстве его сестры.
Друзьями Маргариты были такие известные писатели-гуманисты, как Клеман Маро, Этьен Доле, Бонаван-тюр Деперье, Пьер де Ронсар и многие другие. Блестящий поэт Франции первой половины XVI века К. Маро был представлен Маргарите еще в 1519 году, с тех пор между ними установились дружеские отношения, сохранившиеся до 40-х годов. Б. Деперье в 1536 году стал ее личным секретарем. Вероятно, именно для придворного кружка гуманистов и литераторов он начал составлять свои новеллы «Новые забавы и веселые разговоры», написанные в традициях «Декамерона» Боккаччо и «Фа-цетий» Поджо. При дворе Маргариты этот крупный писатель и мыслитель эпохи Возрождения создал свое лучшее произведение «Кимвал мира». Другим секретарем Маргариты был переводчик «Декамерона» Антуан Ле Масон. Выполненный им в 1545 году новый перевод «Декамерона» он посвятил Маргарите.
К последнему, «наваррскому» периоду относится расцвет творческой деятельности Маргариты. Маргарита-литератор пробовала свои силы в различных жанрах, творческое наследие ее пестро и неравноценно по своим литературным достоинствам. Она писала стихи, аллегорические поэмы, пьесы; сохранилась ее переписка, прежде всего письма к брату Франциску, их более 150.