Основателем евангелического движения стал друг Маргариты — магистр свободных искусств, философ, филолог, выдающийся математик и богослов Лефевр д’Этапль. Лефевр первым в истории в 1512 году (за пять лет до Мартина Лютера) провозгласил учение, которое раскололо впоследствии католический мир надвое. В своем трактате «Послания апостола Павла» он выдвинул два положения, ставших затем основными для протестантизма всех типов: догмат об оправдании верой и признание Священного писания единственным источником веры. Он же утверждал, что «каждый должен иметь правило жизни на своем родном языке», выступал за перевод Библии на французский язык, что, и было им осуществлено: в 1530 году Лефевр опубликовал первый полный перевод Священного писания на французском языке.
Близким другом Маргариты был и другой выдающийся деятель евангелического движения, ученик Лефевра — епископ Гийом Брисонне, возглавивший первую протестантскую общину в городе Мо. «Группа в Мо» пользовалась серьезной поддержкой со стороны Маргариты. Она лично была знакома со всеми главными членами реформационного кружка и с 1521 года переписывалась с епископом Брисонне, оказавшим решающее влияние на формирование ее мировоззрения. Очевидно, что уже к 1524 году Маргарита имела установившееся мнение относительно теологических проблем. Она отошла от традиционного католического учения и склонялась к евангелизму. Так, в поэме, написанной на смерть Шарлотты —>; 7-летней дочери Франциска I, Маргарита прямо говорила о ненужности посредничества католической церкви между богом и людьми, о спасении только милостью божьей, о бесполезности добрых дел в пользу церкви и т. д.
В феврале 1525 года после неудачной битвы при Павии Франциск I попал в плен к испанскому королю Карлу V, в том же 1525 году, в Лионе, простудившись во время бегства из Италии после разгрома при Павии, умер Карл Алансонский.
Пожалуй, впервые Маргарита вынуждена была выступить с дипломатической миссией. Она сделала все возможное для освобождения Франциска из мадридского плена. 2 октября она отправилась в Испанию, в императорскую резиденцию Толедо, и вступила в дипломатическое единоборство с Карлом V. 14 января 1526 года по мадридскому договору, почти после годичного заключения, Франциск обрел свободу.
В 1527 году Маргарита вновь вышла замуж. На этот раз за короля Наварры — Генриха д’Альбре. Ее второй муж был далек от запросов и интересов Маргариты и прославился больше политическими интригами и многочисленными любовными авантюрами. Маргарита не нашла и в этом браке семейного счастья. Впрочем, теперь она стала матерью — в 1528 году у нее родилась дочь Жанна (будущая королева Наварры и мать французского короля Генриха IV Бурбона), а в 1530 году — сын Жан, не проживший и 6 месяцев.