29 июля 1565 года колокола возвестили о венчании королевы. Замок осадила ликующая толпа, в которую щедрыми горстями бросали деньги. Четверо суток кипело веселье. А в Лондоне другая королева, незамужняя, замышляла против Марии Стюарт враждебную акцию. Она не жалела денег для подкупа и организовала мятеж.
Мария в сопровождении своей свиты выехала навстречу бунтовщикам. Один за другим приходили бароны с повинной к своей государыне, и только Меррей бежал в Англию.
Елизавета пыталась доказать свою полную непричастность к заговору. Мария Стюарт победила — вступила в брак по собственному выбору и ликвидировала мятеж. В стране на какое-то время воцарился мир и тишина.
Во втором браке Марию постигло жестокое разочарование. Ее муж, ограниченный, тщеславный юнец, поняв, какую он приобрел власть, становился наглым и заносчивым. Осознав ничтожество этого человека, Мария лишила его своих милостей, отняла у Дарнлея все привилегии. Его больше не звали на заседания государственного совета, и он уже не играл при дворе первой роли. Сама Мария, охладев к этому человеку, отказывала ему в близости, мотивируя это своей беременностью. Но Дарнлей понимал, что все гораздо сложнее.
Лорды вновь подняли голову — ничто так не беспокоило их, как независимое правление королевы. Протестантские лорды полагали, что Мария и ее приближенные стремились уничтожить в Англии Реформацию и утвердить католицизм. И их гнев обрушился прежде всего на секретаря королевы, итальянца Риччо, его даже считали агентом папы при королеве. Мария открыто поощряла Риччо, дарила ему богатые подарки, доверяла королевскую печать и государственные тайны. Он садился за стол с королевой и ее подругами. Придворные видели, что он проводит долгие часы в покоях королевы. И здесь у лордов возникла идея — использовать для прикрытия заговора опального короля и оскорбленного мужа. Дарнлей охотно пошел на сговор против собственной жены.
Вечером, во время ужина, когда собирались друзья королевы, в комнату ворвались вооруженные люди и на глазах у Марии Стюарт зверски убили Риччо. Марию заперли в ее опочивальне, оставив без слуг. Заговор удался на славу. Но королева нашла в себе силы для борьбы и бежала из замка Холируд. У нее созрел план, как расколоть лагерь заговорщиков. Она вновь начала оказывать внимание мужу; появилась легенда, что Дарнлей не принимал участия в заговоре, о чем объявил герольд на главной площади Эдинбурга. Королевская чета возвратилась в свой замок в полном согласии.
Утром 9 июня 1566 года грохот пушек возвестил городу счастливую весть — родился принц, наследник Стюартов. Мария в присутствии свидетелей показала Дарнлею ребенка и сказала: «Бог даровал нам с тобою сына, зачатого тобою, и только тобою» (о королеве ходили слухи, будто она нарушала супружескую верность).