Но отгородиться от жизни было невозможно, и система воспитания «новой породы людей» в Академии скоро стала трещать по всем швам. К тому же И. И. Бецкий, страдавший галломанией, недостаточно ценил национальный элемент в воспитании учащихся, вольно или невольно пытался их офранцузить. Да и как могло быть иначе, если питомцы Воспитательного училища одно время были доверены не подготовленным к этому учителям и гувернерам-французам, возглавляемым неким Жаном-Мари Кювилье, который, прежде чем явиться на педагогическом поприще, состоял «красильщиком шелка во всякий цвет» при Петербургской шпалерной мануфактуре. Как тут опять не вспомнить «Дубровского» и одного из его героев, а именно французика Дефоржа, который был мастером по кондитерской части, но по прибытии в Россию заделался учителем, потому что увидел, что в этой стране звание учительское не в пример выгоднее. Равно как и мосье Бопре, который в своем отечестве был парикмахером, а в России был призван учить дворянского недоросля Петрушу Гринева «по-французски, по-немецки и всем наукам»…
Скоро стало ясно, что педагогические идеи И. И. Бецкого, столь привлекательные на словах, на деле не выдерживают испытания жизнью. Учащиеся, набираемые из «низших классов» и не знавшие до того ни слова на иностранных языках, начинали бойко болтать по-французски, но почти начисто забывали родной язык и вообще оставались круглыми невеждами, потому что по системе Бецкого обязательными в процессе обучения были только чтение, письмо и закон божий, остальные предметы были факультативными, необязательными, дабы не стеснять «свободных стремлений» учащихся. Анатомия и перспектива, столь необходимые для будущих художников, не преподавались совсем. Знакомство с математикой ограничивалось только изучением простейших арифметических правил.
Уберечь воспитанников от «дурных примеров» оказалось делом чрезвычайно трудным, ибо такие примеры были налицо в стенах самой Академии, где допускали злоупотребления и свои, и иноземные служащие, несмотря на кары, которыми И. И. Бецкий стращал тех, «кои послужат худым для учащихся в Академии юношей примером».
«Нерадение» учеников со временем заставило пойти на нарушение устава о запрещении применять в Академии телесные наказания. Форма при этом все же была соблюдена, ибо экзекуции выносили за стены Академии, как о том свидетельствует, например, такая запись в протоколах о четырех учениках — нарушителях дисциплины: «Назнача в черную работу, наказать лозами вне Академии».
Несостоятельность своей системы должен был признать и сам ее автор, Иван Иванович Бецкий. В своей записке, представленной 24 марта 1783 года Совету Академии, он горько жаловался на воспитанников и говорил, что «они поведением своим вовсе не оправдывают надежд, которые возлагало на них отечество, и даже позорят свою нацию».