Вскоре Черновскому было предложено представить письменное изложение своего проекта, что он и сделал, изложив этот проект подробно на 32 листах.
Этот проект не был бредом человека, сошедшего с ума в одиночной камере Петропавловской крепости. Он был передан для ознакомления генералу корпуса инженеров путей сообщения Базену. Базен, по-видимому, не знал, что автором проекта является заключенный в крепости. Сделав ряд критических замечаний, он закончил свой отзыв такими словами: «Впрочем, я не могу не признаться, что хотя описанная в записке подводная лодка не удовлетворяет всем желаемым условиям, однако изобретение ее делает честь сочинителю, и должно полагать, что его усердие и практические знания могли бы быть полезны при дальнейших исследованиях и производстве решительных опытов для введения и усовершенствования подводного судоходства в Российской империи» (М. М. Семин, «Красный архив», 1941 г., № 1, стр. 249–257).
Казалось бы, что такой лестный отзыв Базена, образованного инженера, о неизвестном ему авторе проекта, должен был подтолкнуть правительство к тому, чтобы дать этому автору возможность для дальнейшей работы. Но этого, к сожалению, не случилось. Наоборот, Черновский был поставлен в еще более тяжелые условия. 4 октября 1829 г. он по неизвестной причине был переведен из Петропавловской в Шлиссельбургскую крепость.
По правилам Шлиссельбургской крепости узникам запрещалось давать бумагу и возможность для работы. Исходя из этих правил, комендант крепости отобрал у Черновского находившиеся при нем до этого чертежи и записки. Целых десять месяцев он был лишен возможности заниматься своим проектом. Наконец, из Петербурга пришел запрос с предложением Черновскому представить свои возражения на критические замечания Базена. Разрешение снабдить заключенного бумагой и чертежными принадлежностями было дано в августе 1830 г.
Черновский принялся за работу сначала охотно. Но его постигла общая участь всех заключенных в Шлиссельбургской крепости: его забыли. Шли месяцы за месяцами, и только 11 мая 1832 г. военный министр запросил, в каком положении находится работа Черновского. За это время узник-изобретатель пережил настоящую трагедию. По сообщению коменданта на запрос военного министра, Черновский постепенно «становился задумчивым, наконец, июля 5 дня прошлого года (1831) сделал покушение на свою жизнь». Он нанес себе перочинным ножом рану в шею, после чего девять месяцев пролежал в постели. По словам коменданта, изобретатель сам просил убрать от него чертежные принадлежности. Но вместе с ними были отобраны и бумаги. Они были возвращены Черновскому после упомянутого запроса военного министра. Но без чертежных принадлежностей было невозможно продолжать работу. Комендант крепости запросил Николая I, можно ли дать их Черновскому. Царь в своем ответе предоставил самому коменданту снабжать Черновского чертежными принадлежностями. Нет ничего удивительного поэтому, что комендант нашел для себя более спокойным и удобным не давать их узнику.