Монастырь был основан еще в 1437 г. Он был обнесен крепостью в 1584 г. По внешнему виду монастырские стены и башни на них напоминают до некоторой степени крепостные сооружения Шлиссельбургской и Петропавловской крепостей. Монастырь был настоящей крепостью.
Тюремные казематы внутри крепостных стен были устроены в разных местах — у Никольских ворот, у Святых ворот. Вот как описал такую камеру русский историк Μ. А. Колчин, напечатавший в 1887 г. свое исследование «Ссыльные и заточенные в остроге соловецкого монастыря в XVI–XVIII вв.»: «Мы зашли в узкий, длинный темный ход, проделанный внутри толстой тюремной стены. Идем по нему, сердце невольно сжимается… Идем далее, пока не наталкиваемся на небольшую дверь с маленьким окошечком в середине ее. За дверью чулан аршина полтора, без всякой лавки, без всего того, без чего жить человеку нельзя. В нем можно только стоять или сидеть, скорчившись. Лежать или сидеть с протянутыми ногами не позволяет пространство чулана, а скамьи для сидения не полагается. А несомненно, что здесь заставляли жить людей не один день».
Другие арестантские помещения были устроены под крыльцом Успенского собора, у Архангельских ворот в башне и в других местах.
Режим для сосланных в Соловецкий монастырь различался в зависимости от разных условий. Сюда ссылали: 1) под начала и 2) под караул. Первая форма заключения была менее строгой, чем вторая, и была сопряжена с обязательными работами по монастырю на его нужды. Обычно заключенные спали на войлоке и на подушке из оленьей шерсти. Строго запрещалось давать заключенным письменные принадлежности и книги, кроме церковных. За нарушение этих правил и за разговоры с изолированными заключенными виновные наказывались телесно или сажались на цепь.
Питание менялось в зависимости от режима, примененного к тому или другому узнику. Оно могло состоять или только из хлеба и воды или даже из четырех блюд. Трудно приходилось тем сектантам, содержащимся в монастыре, которые употребляли для пищи свою посуду и не считали возможным принимать пищу, окропленную святой водой. Питание производилось за счет монастыря и за счет милостыни богомольцев.
Необходимым дополнением для поддержания режима заточения и для соблюдения монастырских правил было «лобное место», т. е. площадь для производства наказаний плетьми, палками, батогами, розгами и шелепами. «Тихая обитель» тогда оглашалась воплями наказуемых. А в казематах монастырской тюрьмы, не прерываясь, шло своим чередом душевное страдание заживо замурованных там людей. Душевные муки соперничали с физическими страданиями, какие несла с собой эта средневековая тюрьма.