Но самым важным достижением Хорватии последнего десятилетия в составе Югославии стало формирование системы кинематографического образования. Появилось поколение преподавателей, система и собственный педагогический подход. С этого момента практически все хорватские режиссёры обучались в Загребской Академии Драматических Искусств, что и стало основным фактором, позволившим сформировать в отделившейся стране к концу 2000-х национальную киноиндустрию и вписать собственную кинематографию в общеевропейский контекст.
Тем не менее 1990-е годы стали периодом кризиса в хорватской культуре в целом и кино в частности. Процесс выхода из состава Югославии сопровождался резким ростом националистических, радикальных настроений и способствовал приходу к власти в независимой Хорватии Франьо Туджмана, диктатора, чья деятельность, по мнению некоторых, была сопоставима с его сербским коллегой Слободаном Милошевичем (президентов даже обвиняли во взаимном сговоре с целью раздела Боснии). Режиссёры старшего поколения прекратили работу в 1990; появлению новых авторов ультраконсервативный, ревизионистский режим не способствовал. Райко Грлич, самый успешный хорватский режиссёр 1980-х, в годы правления Туджмана переехал в Америку.
Столкнувшись, помимо прочего, и с общей для всех бывших социалистических стран проблемой потери зрительского интереса к национальному кино, хорватским кинематографистам пришлось ориентироваться на идеологический заказ власти, создавая откровенно пропагандистские фильмы. Примитивность, низкое качество на всех уровнях производства (от сценария до операторской работы) характеризовали работы Якова Седлара, любимого режиссёра Туджмана, чьи фильмы «Госпожа» / «Богородица» (Gospa, 1995) и «В четыре ряда» (Cetverored, 1999) стали настоящими символами культурного кризиса, в котором оказалась Хорватия в последнее десятилетие XX века.
Если сербское кино 1990-х годов ассоциируют с процессом «самобалканизации» (изображением людей, их отношений, национальной истории в соответствии с ожиданиями, запросами западного зрителя), то хорваты преподносили своего героя не дикарём, одержимым убийством, но вечной жертвой, погибающей из-за собственной высокой духовности и благородства.
На этом фоне особенно выделяются комедии Винко Брешана, сумевшего вернуть доверие зрителя к национальному кино. Его первая полнометражная картина «Как война началась на моём острове» (Kako je росео rat па mom otoku, 1996) в эксцентричной манере отразила войну и многолетнюю ненависть хорватов и сербов. Фильм Брешана, являющийся сатирой на политику агрессивного национализма, нашёл отклик у зрителя ещё и потому, что позволял справиться с травматичным опытом войны, не превращая своих героев в жертв, молящих о помощи европейское сообщество.