Везалию не суждено было задержаться в Париже и получить медицинскую степень. Через три года после его поступления в университет между Францией и императором Священной Римской империи Карлом V разразилась война, и ему пришлось вернуться на родину в империю. В 1536 году он был зачислен в медицинскую школу университета в Левене с зачетом предметов, сданных в Париже, и весной 1537 года ему присвоили степень бакалавра медицины. Его интерес к анатомии не ослабевал, как и его рвение в добыче образцов для изучения. Свой энтузиазм и готовность рисковать ради достижения цели Везалий ярко описал в истории про то, как он получил свой первый шарнирный скелет, соврав местным властям, что привез свое сокровище домой из Парижа. Джемма, которую он упомянул в своем рассказе, – это Гемма Фризиус, позже ставшая известным математиком и астрономом:
Прогуливаясь в поисках костей в том месте, куда, к большому удобству студентов, отовсюду привозили тела всех казненных, я наткнулся на высохший труп… Кости были абсолютно голыми и удерживались вместе только за счет связок, от мышц сохранились лишь небольшие части в местах их прикрепления к скелету… С помощью Геммы я вскарабкался на столб и потянул за бедренную кость; вслед за ней сдвинулись лопатки вместе с руками и кистями, хотя пальцев на одной из них, обеих коленных чашечек и одной из ступней не было. После того как мне удалось тайно в несколько приемов перенести ноги и руки домой (голову со всем туловищем я оставил на потом), вечером я решился выйти из города, чтобы забрать грудную клетку, которая висела на прочной цепи. Я горел таким сильным желанием… что не побоялся вырвать у ночи то, чего так жаждал… На следующий день я принес кости по частям домой через другие городские ворота… и составил скелет, который хранится в Левене в доме моего дорогого старого друга Гисберта Карбо.
Некоторое время спустя Везалий понял, что напрасно подвергал себя опасности. Когда он хотел получить труп для вскрытия, чего в Левене не случалось уже восемнадцать лет, ему пришел на помощь бургомистр города. Мы можем предположить, что до этого момента Везалий проводил вскрытия с обычными для того времени целями: чтобы собственными глазами убедиться в правильности учения Галена. Эта гипотеза подтверждается тем фактом, что его дипломная работа была парафразом книги арабского врача Рази.
О событиях жизни Везалия после получения степени известно немного. Мы знаем, что он уехал в Базель, где опубликовал второе издание своего парафраза работы Рази в компании Ruprecht Winter. Вероятно, под впечатлением от недолгого пребывания в швейцарском городе, который был в то время ведущим европейским центром книгоиздательства, он задумал серьезный проект, результатом которого в 1543 году стал его всемирно известный шедевр.