После выхода второго издания парафраза новоиспеченный бакалавр медицины отправился в Венецию, чтобы найти художника, который мог бы помочь ему сделать рисунки для гравюр на дереве с изображением серии запланированных им вскрытий. Вскоре он познакомился, возможно, через Тициана, со своим будущим другом бельгийцем Яном Стефаном ван Калькаром. Одновременно он изучал клиническую медицину, чтобы получить докторскую степень в Падуе. Университет располагался всего лишь в двадцати милях от Венеции, где Везалий проходил практическое обучение в больнице и в декабре 1537 года предстал перед экзаменаторами. Факультет Падуи не только присвоил ему степень доктора медицины с наивысшей оценкой, но на следующий же день назначил его профессором хирургии и анатомии с зарплатой сорок флоринов в год. Хотя в обязанности нового профессора входило чтение лекций по анатомии, его должность не считалась очень престижной по сравнению с положением других преподавателей медицины, чьи зарплаты были в несколько раз выше, чем у двадцатитрехлетнего новичка.
Прогрессивная образовательная политика университета Падуи позволяла членам факультета вводить разумные нововведения в методы обучения. Везалий немедленно воспользовался этой привилегией. Прямо в день своего назначения, 6 декабря, он провел серию вскрытий трупов, в которых сам исполнил все три роли: хирурга, демонстратора и лектора. После такого стремительного начала он быстро сформировал своеобразный педагогический стиль, благодаря которому стал популярным среди студентов: он лично препарировал трупы, параллельно давая разъяснения и иллюстрируя учебный материал на подвешенном рядом со столом скелете. В качестве средства ориентации он рисовал очертания костей на поверхности кожи до того, как произвести вскрытие трупа. Везалий составил большие схемы для демонстрации анатомии и всего того, что было известно о функциях органов. Он проводил вскрытия для демонстрации живых органов, а иногда вивисекцию мелких животных для сравнения их анатомии с человеческой. Таким образом, преподавание было многоплановым, включая объяснение физиологии, коррелирующее со строением скелета, и формируя цельную картину, которая фиксировалась в памяти с помощью схем и диаграмм.
На основе этих вскрытий в течение нескольких первых месяцев в сотрудничестве с Калькаром он изготовил шесть анатомических гравюр. Каждая из них состояла из центрального рисунка со сносками в виде букв и сопроводительным текстом по бокам страницы. В апреле 1538 года под заголовком Tabulae Anatomicae Sex («Шесть анатомических таблиц») были опубликованы эти шесть диаграмм, предвосхитив появление знаменитой Fabrica.