После войны Гидрометеослужба вновь стала гражданским ведомством. Федоров всегда был и оставался по своей натуру ученым. В 1947 г. он перешел целиком на научную работу — в созданный академиком О. Ю. Шмидтом Геофизический институт АН СССР. Там Федоров вел работу по практическому применению геофизики в народном хозяйстве. По существу он создал новое направление в советской геофизике, и в 1954 г. на базе его лаборатории организовался Институт прикладной геофизики, а он стал его директором. В 1959 г. Е. К. Федоров был избран академиком и назначен главным ученым секретарем Президиума АН СССР. На этом высоком и почетном посту он пробыл три года. На его плечи легла большая научно-организационная работа, и он во многом способствовал развитию таких наук, как геофизика, океанология, метеорология. Большой вклад внес Е. К. Федоров в эти годы в развитие международного сотрудничества ученых. Он продолжал работать над проблемами прикладной геофизики.
В октябре 1962 г. Федорова вновь назначают начальником Гидрометеослужбы СССР. Под его руководством за несколько лет была проведена поистине научно-техническая революция и вся гидрометеорологическая служба СССР была перестроена на современной научной основе, а ее деятельностью был охвачен буквально весь земной шар — суша и океан, Арктика и Антарктика. Расширились и технически перевооружились институты ГУГМС, превратившись в подлинно научные центры. 12 лет возглавлял Е. К. Федоров Гидрометеослужбу СССР.
В 1974 г. он вновь переключился на научную работу. В настоящее время он директор Института прикладной геофизики АН СССР. Как ученый, он большое внимание уделяет изучению вопросов охраны среды и воздействия человека на природу. Этой проблеме посвящены его последние научные труды. Всего его перу принадлежит более 120 научных работ. Е. К. Федоров не расстался с Арктикой и продолжал регулярно бывать там, инспектируя работу полярных станций, обсерваторий и дрейфующих станций «СП», оказывая им нужную помощь.
Евгений Константинович принадлежит к тому типу ученых, которые не замыкаются в узком кругу своих научных интересов, а научную работу сочетают с активной общественной деятельностью. Он неоднократно избирался депутатом Верховного Совета СССР, а с 1977 г. является членом Президиума Верховного Совета СССР. На XXV и XXVI съездах КПСС Е. К. Федоров избирался кандидатом в члены ЦК КПСС. Весьма обширна и плодотворна его международная деятельность. Он член ряда комитетов, был участником многих конгрессов и конференций, часто возглавлял на них советские делегации. Е. К. Федоров — активный борец за мир и сотрудничество людей всей планеты.