Ему доверена высокая честь быть председателем Советского комитета защиты Мира, он избран вице-президентом Всемирного Совета Мира и вице-президентом Всемирной метеорологической организации. В свои 70 лет Евгений Константинович с молодой энергией продолжает неустанную борьбу за мир и охрану среды, в которой живет человечество. Он часто встречается с Парани-ным, дружба с которым зародилась полвека назад в далекой Арктике: ведь из четверки отважных их осталось только двое.
Дальнейший жизненный путь И. Д. Папанина был связан также с Арктикой. В 1938 г. его назначили первым заместителем начальника Главсевморпути при СНК СССР (ГУСМП) и ему было поручено возглавить строительство, снабжение и кадры. А год спустя, когда О. Ю. Шмидт перешел на работу в Академию наук СССР, Иван Дмитриевич стал начальником ГУСМП. Этому предшествовало специальное постановление СНК СССР о перестройке всей деятельности Главсевморпути и переход от поисков в Арктике к планомерной работе на огромной территории Крайнего Севера. На ответственную работу в ГУСМП были выдвинуты опытные и энергичные руководящие работники, в лице которых новый начальник ГУСМП получил хорошую опору.
Первые годы основное внимание И. Д. Папанин уделял строительству судоремонтного завода в Мурманске и серии мощных ледоколов, заложенных вскоре после челюскинской эпопеи. В 1940 г. Папанин возглавил экспедицию на ледоколе «И. Сталин» по выводу из ледового плена после 812-дневного дрейфа ледокольного парохода «Георгий Седов». За эту операцию И. Д. Папанин был награжден второй Золотой Звездой Героя Советского Союза.
Годы Великой Отечественной войны И. Д. Папанин провел в портах Севера — Архангельске, Северодвинске, Мурманске в качестве уполномоченного Государственного Комитета Обороны СССР по перевозкам на Севере. Он возглавлял приемку военных и стратегических грузов, прибывающих в эти порты, и отправку их на фронт и на предприятия оборонной промышленности.
Отгремели грозные дни войны, полярники вернулись к мирному труду. В 1948 г. И. Д. Папанин становится заместителем директора Института океанологии по экспедициям, и с этого времени начался новый этап в его жизни — работа в Академии наук СССР. Папанин много труда вложил в организацию первых рейсов «Витязя» и создание материальной базы института.
В июле 1951 г. в Академии наук СССР был создан Отдел морских экспедиционных работ (ОМЭР) и Иван Дмитриевич был назначен его начальником. В этой должности он работает до настоящего времени. Папанин вложил много труда и энергии в организацию при Академии наук СССР научно-исследовательского флота. Большой заслугой И. Д. Папанина явилась организация и строительство на базе небольшой биологической станции «Борок» в районе Рыбинского водохранилища крупного института биологии внутренних вод. Он возглавил сначала биостанцию, а затем институт.