Параллельно Перу становилось всё более и более воинственной страной с региональными амбициями, и на армию тратилась значительная часть доходов от экспорта гуано. В 1858–1860 годах прошла война с Эквадором, а в 1868 году была даже объявлена война Испании, пытавшейся взыскать с Перу старые долги. Был заключен оборонный союз с Боливией, направленный в первую очередь против Чили, власти которого также имели растущие региональные амбиции и претендовали на месторождения селитры на юге Перу и западе Боливии.
В обществе постепенно возникло мощное движение против засилья военных в правящей верхушке, получившее название «сивилистов» – сторонников гражданского управления страной. Сивилисты видели в военных причину высокого уровня неравенства и коррупции и надеялись, что гражданская власть сможет справиться с социальными проблемами. Кандидатом в президенты от сивилистов стал Мануэль Прадо, который в 1872 году выиграл выборы. Увы, это было крайне неподходящее время для эксперимента по внедрению гражданской власти. Как раз с этого года истощение запасов гуано стало проявляться в сокращении добычи, а параллельно на рынке появились более выгодные удобрения. Цены на гуано начали падать, и правительство решило попытаться заменить его в роли ключевого экспорта другим удобрением – селитрой. Были национализированы все шахты страны, производившие селитру, однако начавшийся кризис усугублялся на глазах.
Власти соседнего Чили между тем не оставили планов завладеть селитряными шахтами в Перу и Боливии. За их амбициями стояли английские торговые компании, которые с национализацией шахт в Перу потеряли большие прибыли. Особенно риск вторжения был актуален для крайне слабой Боливии, за разработку селитряных месторождений которой боролись и перуанские, и чилийские чиновники и компании.
В 1878 году чилийские войска, не встретив никакого сопротивления, полностью захватили боливийскую провинцию Атакама, где были сосредоточены месторождения селитры. Поскольку между Боливией и Перу в 1873 году был заключен договор о совместной обороне, после провалившихся переговоров по урегулированию конфликта началось открытое военное столкновение армий Перу и Боливии, с одной стороны, и Чили – с другой. Хотя совокупная численность армий Перу и Боливии была больше, чем у Чили, чилийская армия была лучше вооружена и подготовлена, а многие подразделения армий Боливии и Перу и вовсе были сформированы из необученных военному делу индейцев и крестьян. Кроме того, в Перу продолжался политический кризис, вызванный противостоянием военных и сивилистов, и крестьянские бунты. В мире, во многом благодаря умной английской дипломатии, не сложилось однозначного отношения к войне, и многие страны заняли прочилийскую позицию.