Такое усиление Хики не устраивало Ходзё Токимасу — отца Масако и деда Ёрииэ. В результате заговора род Хики был полностью уничтожен, а сам Ёрииэ в 1203 году заточён в храме Сюдзэндзи в земле Идзу; новым сёгуном был поставлен его младший брат Санэтомо, а Ёрииэ умер или был убит в 1204 году.
Ходзё Токимаса стал «хранителем власти» (сиккэн) при новом сёгуне Санэтомо, но и Санэтомо был ему не по душе, и уже в 1205 году Токимаса устраивает новый заговор с целью отобрать титул сёгуна у Санэтомо и передать его своему зятю, Хирага Томомаса. Для этого заговорщиками был убит противник Томомасы, Хатакэяма Сигэтада. Дочь Томомасы Масако и её брат Ёситоки воспротивились произволу отца, привлекли на свою сторону вассалов дома Ходзё, сместили Токимасу и убили Томомасу; эти события получили название «Смута Хатакэяма Сигэтада» (Хатакэяма Сигэтада нохэн). Власть перешла к Масако и Ёситоки, но вскорости против власти Ходзё восстал один из вассалов, Вада Ёсимори, и в 1213 году род Вада был уничтожен. Этот инцидент был впоследствии назван Вада кассэн — «Сражения рода Вада».
В 1219 году монах Кугё, сын второго сёгуна, Ёрииэ, уверенный в том, что в смерти отца повинен Санэтомо, подстерёг его, когда он совершал паломничество в храм Цуругаока-Хатимангу, и убил Санэтомо. Здесь и начинается история, описанная в «Записях о смуте годов Дзёкю».
Смута годов Дзёкю, собственно, юридически не являлась мятежом. Точнее говоря, являлась, но совершенно наоборот.
«Мятеж» — юридический термин в кодексах эпохи Хэйан, обозначавший выступление против существующей власти (то есть императора либо его семьи); при этом учитывалась степень тяжести преступления, — имел ли место сговор, или преступление против императора было неумышленным, как в случае Фудзивара-но Корэтика, неумышленно выстрелившего в императора (см. «Повесть о смуте годов Хогэн», св. 3 «4. О том, как были казнены Тадамаса, Иэхиро и прочие», «Повесть о доме Тайра», св. 2 «4. Малое увещание»). Но смута годов Дзёкю была выступлением императора, пусть и бывшего, против вассала. В третьем году Дзёкю (1221) экс-император Го-Тоба, недовольный тем, что сиккэн Ходзё Ёситоки отказывался выполнять его распоряжения, издал указ об усмирении Ходзё. Го-Тоба, вероятно, рассчитывал, что борьба за власть, разгоревшаяся на востоке страны после смерти последнего сёгуна Минамото, ослабила Ходзё, и надеялся, что авторитет императора поможет объединить всех противников камакурской власти. Однако же весьма значительная часть воинских семейств восточной части Хонсю выступила на стороне сиккэна Ёситоки и его сестры Масако. В ходе короткой кампании, длившейся менее двух месяцев, войска экс-императора были разбиты; царствовавший император, трёхлетний Тюкю, был смещён, экс-императоров и принцев, участвовавших в восстании, сослали в разные земли, а множество прочих участников «мятежа» казнили. Сиккэны Ходзё с тех пор определяли политику страны, и правили до 1333 года, когда император Го-Дайго смог собрать вокруг себя силы, достаточные для того, чтобы захватить Камакура и покончить с властью дома Ходзё. После того началась новая смута, закончившаяся установлением сёгуната Асикага, но это уже совсем другая история.