Вторая, Трёхлетняя, война, описанная в «Записях о Трёхлетней войне в Осю», началась в третьем году Эйхо (1083). Киёхара-но Санэхира, приходившийся внуком соратнику Ёриёси по Девятилетней войне Киёхара-но Такэнори, женил своего приёмного сына Нарихиру на внебрачной дочери Ёриёси. Через сына породнившись с Минамото, Санэхира мог рассчитывать на укрепление своих позиций среди местной знати, оттеснив другого внука Такэнори, Иэхиру. В ответ на это братья Иэхира и Киёхира напали на поместье Санэхиры, были отбиты, и вскоре Санэхира умирает в военном походе. Уезды, которыми он управлял, новый правитель земли Муцу, Минамото-но Ёсииэ, поделил между братьями Иэхирой и Киёхирой, но Иэхира остался недоволен разделом, напал на поместье Киёхиры и перебил его семью. Киёхира обратился с жалобой к Ёсииэ, и вместе они загнали Иэхиру в крепость Канэдзава. После долгой осады в двенадцатой луне первого года Кандзи (1087) крепость пала, Иэхира переоделся крестьянином и пытался бежать, но был убит. Минамото-но Ёсииэ в своём послании в столицу описал военные действия как подавление мятежа. Возможно, на тот момент не было свободных должностей, чтобы наградить Ёсииэ, или же инцидент сочли слишком мелким, чтобы считать его мятежом, но Трёхлетнюю войну признали частной междоусобицей и наград не дали. Головы лидеров вражеских войск выбросили за ненадобностью и забыли о происшествии.
Несмотря на победы Минамото-но Ёриёси и Минамото-но Ёсииэ в Девятилетней и Трёхлетней войнах, северо-восточные провинции страны ещё долго сохраняли относительную независимость от центральной власти. Минамото, обладавших огромным авторитетом в тех землях, больше не назначали правителями северо-восточных земель — возможно, из опасений, что те, набрав силу, не избегут искушения повторить попытку Масакадо создать независимое государство, а то и пойдут походом на столицу. Но объективные факторы — удалённость от центра и сложные географические условия — делали невозможным постоянный контроль над землями Муцу и Дэва, и авторитет местных лидеров, происходивших от Фудзивара-но Киёхиры, которому в своё время покровительствовал Ёсииэ, значил для местной аристократии больше, чем мнение правителей из столичной аристократии, не знавших местных условий. Род Фудзивара-но Киёхиры процветал. Этот род, т. н. «Северные Фудзивара», или «Фудзивара из Осю», построили г. Хираидзуми, ставший политическим, экономическим и культурным центром северо-востока страны. Окончательно эти земли были подчинены лишь в пятом году Бундзи (1189), когда войско камакурского правителя Минамото-но Ёритомо (1147–1199) под командованием Хатакэямы Сигэтады под видом преследования брата Ёритомо, Минамото-но Ёсицунэ (1159–1189), якобы замыслившего мятеж, вторглось в северо-восточные земли Хонсю и захватило их для камакурского сёгуната, административный и военный центр которого, Камакура, был географически намного ближе к этим землям, чем Киото, откуда осуществлялось управление в период Хэйан. Автор «Сказания о Ёсицунэ», сравнивая кампании Минамото-но Ёриёси и Хатакэямы Сигэтады, говорит: «В старое время на такое дело ушло двенадцать лет войны, теперь же — экое диво! — всё было кончено за девяносто дней» (Ч. VIII. «О том, как были сокрушены сыновья Хидэхиры»).