Удивительно, что рисунки, выполненные гораздо позже, когда можно было многое уточнить, также грешат ошибками. Например, на картине известного художника-баталиста А. Е. Коцебу «Штурм Нотебурга» крепостная стена изображена не с бойницами, а с зубцами, очевидно по впечатлению, связанному с новгородским или московским кремлем. В действительности зубцов этих стены Орешка не имели.
При воссоздании сложных комплексов редко бывают случаи, когда о них имеются прямые документы, которыми и могут воспользоваться реставраторы. Обычно они решают задачи со многими неизвестными. Чтобы проникнуть в творческую мысль зодчих древности, они выдвигают гипотезы, отвергают их и снова ищут.
На Ореховом острове проведены тщательные исследования полуразрушенных строений. Как ни странно, неожиданные сюрпризы скрывались в крепостных стенах московского периода. Они давно стоят обнаженными, но исследователям не приходила мысль о том, что в их массиве находится ряд наглухо заложенных помещений (очевидно, при перестройке под тюрьму) и деталей. Но вот начались зондажи в старой кладке, и вдруг открылись замурованные лестницы в Наугольной, Погребной и Княжей башнях, вместительные галереи в цитадели, несколько неизвестных бойниц, камер и узких коридоров. По ним осуществлялась скрытая связь во время боя, доставлялись защитникам крепости оружие, ядра. Здесь, у амбразур, стояли когда-то еще несовершенные, но грозные для врага пушки. Найденные в стенах помещения помогли исследователям понять, как действовали защитники в напряженные часы штурма.
Каждая находка, если ее удавалось объяснить, приближала к разгадке. Там, где в поисках решения не хватало какого-либо звена, часто помогали предположения, подсказанные натурными исследованиями. Вот как, например, пришли к выводу о том, что внутри крепости была гавань. На гравюре А. Шхонебека, изображающей осаду Нотебурга войсками Петра I, у стен цитадели нарисован широкий ров, наполненный водой. После тщательных поисков в крепостной стене удалось найти под завалами следы проема, соединявшего внутренний канал с Невой. Находка озадачила исследователей своими большими размерами, смысл которых не сразу удалось разгадать. Обмеры показали, что мост через канал находился на той же высоте, что и свод проема. Из-за этого строителям пришлось и вход в цитадель поднять на уровень моста. Кроме того, при расчистке проема в стене обнаружились щель и подставы для петель, не оставляющие сомнений в наличии герсы и ворот. Они закрывали вход в крепость по воде через арку крепостной стены. Размеры арки и высота моста были рассчитаны на проход русской ладьи.