Мир аниме настолько огромен, что нам придется остановиться только на нескольких знаковых фильмах и сериалах. Полнометражное аниме «Акира» (1988) режиссера Кацухиро Отомо по одноименной манге его же авторства было первым в использовании прорывных технологий и при этом направленным на взрослую аудиторию. Это антиутопия, действие которой происходит в 2019 году в Нью-Токио, перестроенном после того, как правительство в 1988 году сбросило на город атомную бомбу, потому что вышли из-под контроля паранормальные эксперименты на детях. Самый могущественный из обладающих сверхъестественными способностями детей по имени Акира был криогенно запечатан на Олимпийском стадионе. Теперь Нью-Токио захлестывают бандитизм и внутренний терроризм. Лидер банды байкеров Канэда пытается спасти своего друга Тэцуо, который также оказался подопытным в военных экспериментах и получил сверхъестественные способности. Канэда вместе с членами банды должен сражаться с другими группировками и одновременно не дать Тэцуо освободить Акиру и выпустить на свободу неконтролируемые психические способности, которые приведут к разрушению Нью-Токио. Высокое качество рисовки и анимации «Акиры», включая сверхплавное движение и детальные реалистичные фоны футуристического Токио, снискало признание критиков. Фильм стал культовым для поклонников по всему миру, а многие считают его одним из лучших анимационных фильмов всех времен. Он сыграл большую роль в воспитании спроса на умное аниме за пределами Японии.
Два других важных аниме в жанре научной фантастики — это фильм 1995 года «Призрак в доспехах» (Кокаку кидотаи) режиссера Мамору Осии, основанный на популярной манге, и «Евангелион» (Синсэйки Эвангэрион, 1995–1996). Сюжет «Призрака в доспехах» повествует о членах контркибертеррористической группы под названием «Секция 9», управляемой киборгом Кусанаги. Действие происходит во времена, когда люди, по крайней мере частично, стали киборгами: их мозг может взаимодействовать с компьютерными сетями или протезами частей тела. Секция 9 борется с хакерами, особенно с Кукловодом, который берет под контроль кибермозг, чтобы поработить его носителей. Аниме приняли хорошо, и за ним последовал телесериал и сиквелы, выпущенные в 2004 и 2015 годах. Голливудский ремейк 2017 года получил смешанные оценки; многие фанаты критиковали выбор Скарлетт Йоханссон на главную роль из-за того, что она играет персонажа-азиатку.
Как и в случае «Акиры», действие «Евангелиона» происходит в футуристическом Токио через несколько лет после апокалипсиса. Специально отобранные подростки-пилоты управляют гигантскими роботами, синхронизированными с их нервной системой, чтобы бороться с расой существ под названием Ангелы, которые могут уничтожить человечество. Главный герой — пилот-подросток по имени Синдзи, который страдает от неуверенности в себе. В сериале с углублением в психоаналитические концепции анализируются эмоции героя и его отношения с другими пилотами. В фильме фигурируют образы и мифология нескольких религиозных традиций, от иудейской каббалы до синтоистской мифологии и библейского сюжета о творении. «Евангелион» завоевал признание критиков как в Японии, так и за границей. В Японии он стал темой широкой дискуссии в СМИ, особенно после выхода в эфир финала — смешанного калейдоскопа образов, призванного передать психологические состояния Синдзи по мере того, как он размышляет о судьбе человечества. Общественный протест против финала был так силен, что через год выпустили фильм «Конец Евангелиона» (1997), чтобы разъяснить, почему история закончилась именно так. Тем не менее сериал подавляющим большинством голосов завоевал первое место в категории «Самые любимые сериалы» Anime Grand Prix в 1996 и 1997 годах, а в исследовании 2006 года был назван самым популярным аниме всех времен. Последующие фильмы, манга и сопутствующие товары на тему «Евангелиона», включая мобильные телефоны и ноутбуки, нацеленные на взрослую аудиторию, собрали в Японии и за рубежом более 1,3 миллиарда долларов.