Только пятый запуск “Атласа” 10 января 1958 года прошел по заданной программе.
Первый этап испытаний закончился 3 июня 1958 года, восьмым пуском ракеты. Из них только три полета закончились успешно. Во всех пусках головная часть от ракеты не отделялась.
На второй этап испытаний выходил предсерийный образец ракеты — Atlas В. Его единственным отличием от боевой ракеты был носовой конус, в котором вместо боеголовки стояли измерительные приборы.
Первый пуск “Атласа” В состоялся 19 июля 1958 года. На 43 секунде полета произошло самовыключение двигателей разгонной ступени. Эта неисправность повторялась и в некоторых последующих запусках
Поставленная этими авариями в тупик, фирма Convair обратилась в научно-исследовательский центр ВВС им. Арнольда за помощью. Ученые провели обследование различных факторов, которые могли повлиять на процесс горения в двигателе. Оказалось, что выхлоп турбины привода топливных насосов был направлен прямо вниз, и в длинных стальных обтекателях двигателей создавалось разрежение. Это приводило к всасыванию выхлопных газов обратно в обтекатели, в результате чего сгорала электрическая проводка цепей зажигания.
После того, как выхлопные отверстия турбин перенесли в другое место и срезали нижние участки обтекателей, выключения прекратились. Для надежности еще добавили тепловой экран, защищающий проводку от высокой температуры.
Наиболее важным пуском для всей программы был второй пуск “Атласа” В, состоявшийся 2 августа. Он продемонстрировал первое отделение разгонных двигателей, стабильную работу маршевого двигателя и отделение носового конуса после включения тормозных двигателей.
28 ноября 1958 года ракета, наконец, достигла межконтинентальной дальности, пролетев 10176 км. Это была расчетная дальность полета без учета вращения Земли. При запусках в восточном направлении, с учетом вращения Земли, дальность полета могла превысить 14000 км.
В декабре 1958 года на испытания вышел Atlas С, обладающий большим стартовым весом и, следовательно, несколько меньшим ускорением при старте, чем предыдущие модификации. Ракета предназначалась для испытаний отделяющейся ГЧ.
Большие трудности во время испытаний вызывал поиск ГЧ с измерительной аппаратурой.
Дважды головные части не были найдены, хотя и снабжались специальными парашютами для замедления скорости падения, поплавками для поддержания их на плаву, сигнальной рацией для вызова поисковых групп и красителями водной поверхности для их обнаружения.
Вновь помог центр им. Арнольда. В аэродинамической трубе исследовали спутную струю падающего конуса. Ответ был неожиданным: дефект заключался в том, что парашюты не раскрывались. Их раскрытию препятствовала турбулентность воздуха позади падающей ГЧ. Научно-исследовательский центр предложил удлинить подвесные стропы парашютов с тем, чтобы парашюты были в относительно спокойном воздухе вне зоны турбулентности.