Войском и казацкой Радой старшин руководила Генеральная старшина, в которую входили гетман, писарь, обозный, два есаула и два судьи. Ей подчинялись все полковые старшины в составе полковника, есаула, обозного, судьи, писаря и хорунжего. По реестру 1649 года в полках Гетманщины было от одиннадцати до двадцати двух сотен, в каждой до трехсот казаков. В сотенную старшину входили сотник, есаул, писарь и хорунжий. Сотенными городами считались местечки в составе полков, которых могло быть и пять, и десять, и больше. В селах казаками командовали сельские и куренные атаманы. Богдан Хмельницкий создал казацкое государство в виде войска.
По приказу Хмельницкого полки собирались в сборных местах и шли к гетману, который командовал главным войском и посылал куда нужно отдельные войсковые группы во главе с талантливыми наказными атаманами из полковников.
В походе каждый полк двигался табором, о котором бывшие в ставке Хмельницкого иностранные дипломаты писали:
«В походе возы идут с двух боков, охраняемые конницей, в середине — пешее войско, и в случае необходимости эти возы служат их шанцами. С этими возами они очень сильны, и про них говорят, что нет в мире войска, которое могло бы лучше строить укрепления и шанцы, чем казаки».
Войско Хмельницкого в походе и на отдыхе ставило возы в шесть и до десяти рядов, иногда друг на друга, и прорваться через это почти мгновенно возникавшее укрепление врагу было практически невозможно. Иностранные дипломаты докладывали начальству, что «казаки, имея перед собой хотя бы небольшое укрепление, легко отбиваются один от четверых врагов».
Казаки шли в поход на своих конях и с личным оружием. У каждого из них были сабля, кинжал, мушкет-самопал, пистоли, лопата, мотыга, топор, коса и продовольствие. При проявлении большого вражеского войска казаки спешивались и за пятнадцать минут устраивали неприступный табор.
Артиллерия войска Хмельницкого состояла из полковой, осадной и крепостной. Много отличных пушек новейших европейских образцов казаки взяли как трофеи после побед над поляками в битвах и при осаде магнатских замков. Их количество в казацком войске измерялось сотнями, и это была грозная сила.
В каждом полку была мастерская, делавшая не только сабли, но даже карабины и отливавшая пули. Казаки с помощью своей селитры и привозной серы изготавливали отличный порох.
В каждом полку и главном войске были лекари и коновалы.
Боевое мастерство казаков в сабельном и мушкетном бою было непревзойденным. Посол А. Вимина в ставке гетмана писал своему европейскому монарху: «Мне доводилось видеть, как казаки пулей гасили свечку, отсекая нагар так, как будто это было сделано с помощью щипцов. Они учатся храбрости и боевому мастерству с детства».