После смерти генерала Окбы арабы не могли долго удерживать завоеванные земли, так как вспыхнула новая гражданская война в Аравии и Сирии. Походы были приостановлены. Третье завоевание Северной Африки арабами началось в 698 г., когда они вошли в Карфаген. Его камни послужили материалом для строительства города Туниса. Другой бой, около Утики, что находится на северо-западе от Карфагена, арабы тоже выиграли. Замечательный римский город, основанный в 110 г. до н. э., был полностью разрушен. Победа арабов вынудила византийцев покинуть Северную Африку. Походом руководил новый генерал Хазан.
В 698 г. арабы захватили почти всю указанную выше территорию и поделили ее на три области: Египет с губернатором аль-Фустатом, Магриб с губернатором Фезе, Ифрикию с губернатором генералом Муссой ибн Носсейром, который отвечал за подавление последнего берберского восстания и за распространение ислама в завоеванных землях. Генерал Мусса и два его сына захватили 300 тысяч пленников. Почти все пленники были проданы в рабство, правда, доходы от их продажи поступили в общественное казначейство. Тридцать тысяч пленников были вынуждены нести военную службу. Для борьбы с византийскими кораблями Мусса был вынужден построить собственный флот. В дальнейшем это позволило ему завоевать острова Мальорка, Ивиса и Менорка, продвинуться в глубь Магриба и в 700 г. захватить Алжир.
Результатом этих завоеваний была арабизация многих стран Ближнего Востока. Язык, религия, многие элементы материальной и духовной культуры арабов оказали большое влияние на народы завоеванных стран, сложилась своеобразная арабская культура. На территории ряда стран возникли арабские государства. К 709 г. вся Северная Африка (кроме г. Сеуты) находилась под контролем Арабского халифата. Фактически создавался плацдарм для нападения на Испанию.
Арабское завоевание Северной Африки завершилось падением Карфагена. На территории бывшего экзархата (римские провинции Африка, Бизацена, Триполи, Нумидия, Мавритания) была образована арабская провинция Ифрикия. Через несколько поколений на покоренной территории сформировалась местная арабская аристократия, недовольная вмешательством халифата в местные дела.
Большинство жителей африканских провинций приняло ислам, а в Тунисе стала развиваться новая арабская культура. В политическом отношении страна до 800 г. оставалась частью Арабского халифата. Затем, при династии Аглабидов (800–909 гг.), фактически существовал самостоятельный тунисский эмират, правители которого совершали многочисленные набеги на Сицилию и континентальную Италию. В 909 г. Тунис был завоеван берберами, которые исповедовали ислам другого толка. Они положили начало шиитской династии Фатимидов. В последующие годы ей удалось овладеть Северной Африкой, Египтом, Сирией и Западной Аравией. Но в 973 г. Фатимиды перенесли свою резиденцию в Египет, а управление Тунисом передали местной династии наместников – Зиридов (972–1148 гг.). Это был период высокого расцвета мусульманской культуры в Северной Африке. Однако в 1148 г. сторонники суннитского течения в исламе произвели переворот, жестоко расправились с шиитами, а правитель аль-Муизз из династии Зиридов провозгласил отделение от Фатимидов. В 1052–1057 гг. направленные Фатимидами кочевые племена вновь завоевали Тунис. При этом страна была полностью разграблена и на десятилетия превратилась в огромное пустынное кладбище. Только на побережье закрепилась династия Зиридов.