Безсистемное строительство железных дорог в России привело к тому, что интересы государства в сфере развития экономики и обеспечения стратегической безопасности никак не были учтены. Следствием этого стало, что, например, единственный к 1913 году серьёзный порт на Русском Севере — Архангельск — имел связь с основной железнодорожной сетью страны только через узкоколейную линию на Вологду, у которой была ничтожная пропускная способность. А с незамерзающим северным портом Мурманск (до 1917-го — Романов-на- Мурмане) на начало войны железнодорожной связи не было вообще.
Серьёзной проблемой оставалась и пропускная способность железнодорожных линий, расположенных к востоку от меридиана Москвы, которая была намного ниже пропускной способности линий к западу от Московского железнодорожного узла:
— центральные губернии были соединены с Уралом и Сибирью только двумя мостами через Волгу;
— с запада к Волге подходило 10 железных дорог, а от Волги на восток страны отходило только четыре.
Кроме того, сама железнодорожная сеть
— была несовершенной так, например, частные дороги, построенные иностранцами, имели задачу вывоза из России зерна и других природных ресурсов, а потому оказались практически бесполезны для функционирования экономики России в условиях войны; железнодорожные узлы строились хаотично, и в результате достройки различных примыканий имели нерациональную конфигурацию; отдельные участки имели различную пропускную способность, причём зачастую это было на разных участках одной и той же линии; разная ширина железнодорожной колеи у разных железнодорожных линий; на большинстве узловых станций не имелось достаточного количества выгрузочных помещений, не было
централизации стрелок, автоблокировки и диспетчерского руководства движением поездов, эстакад для ускорения набора топлива паровозами; на железных дорогах использовалось более 20 серий товарных и 18 серий пассажирских паровозов; неудовлетворительные условия в мастерских и отсутствие необходимого количества станков и оборудования не позволяли осуществлять качественный ремонт подвижного состава, вследствие чего на ремонт подвижной состав ставился только в случае, когда его дальнейшая эксплуатация была невозможна>58, что резко снижало работоспособность железнодорожного транспорта и резко повышало издержки во всех сферах, как самой железнодорожной сети, так и отраслей, сопряжённой с ней);
— имела слабые звенья (например, непропитанные шпалы; песчаный балласт; рельсы лёгкого типа III-а и IV-а (почти 90% линий), по которым нельзя было пропускать тяжёлые составы; быстро устаревающий телеграфный способ управления движением поездов; отсутствие автоблокировки; зачаточное состояние диспетчеризации движения поездов; устаревшие технологии формирования поездов, разгрузки-погрузки, особенно грузов оборонного значения).