Петр поверил Мазепе и сообщил тому, что «клеветники… воспримут по делам своим достойную казнь». В поэтической форме у Пушкина это звучало следующим образом: «И озабоченный войной, // Гнушаясь мнимой клеветой, // Донос оставя без вниманья, // Сам царь Иуду утешал // И злобу шумом наказанья // Смирить надолго обещал!»
Кочубея и Искру доставили в Витебск, где находился назначенный для розыска по этому делу сподвижник Петра Гавриил Головкин. Сначала с ними говорили весьма доброжелательно и милостиво. Кочубей объяснил Головкину причину писем против Мазепы и вручил ему донос из 33 пунктов, где перечислял конкретные действия Мазепы или намерения их совершить.
Однако даже это не произвело впечатления на Головкина, и Кочубея с Искрой, а также полтора десятка человек, прибывших с ними, подвергли жестоким пыткам. Впрочем — ничего необычного для тех времен… Мол, уж так они точно скажут всю правду, поведают всю подноготную, не было ли «от неприятеля подсылки».
Но даже под пытками Кочубей и Искра отвечали, что за ними не стоят ни шведы, ни поляки. Но они все-таки были вынуждены оговорить себя, заявив, что их показания против Мазепы ложные. Кочубей заявил, что все затеял по злобе на гетмана, да еще и подговорил Искру. Словом, «заплечных дел мастера» получили не правду, а то, что хотели услышать…
Кочубею и Искре был вынесен смертный приговор, утвержденный Петром. При этом Мазепа добивался, чтобы «клеветников» доставили к нему, чтобы он сам свершил приговор над теми, кто ему изменил. Так и произошло: они были доставлены в гетманский обоз и 14 июля 1708 года казнены: им отрубили головы…
Спустя чуть более века забытый сегодня писатель Егор Аладьин написал историческую повесть «Кочубей», впервые опубликованную в «Невском альманахе» за 1828 год. В ярких трагических красках описывал он казнь Искры и Кочубея.
«Народ и воины толпою обступили площадь, отрывистый гул ропота и проклятий, как удары землетрясения, растекался по воздуху. Окруженный свитою и верными сердюками, гетман из окна любовался приятным для него зрелищем; внизу несчастная его крестница, закрытая с головы до ног белым покрывалом по повелению Мазепы, стояла в грустном ожидании.
Как призраки гроба, приближались к плахе Искра и Кочубей, народ содрогался, как напирающий гром, сильнее и сильнее раздавался ропот. Мазепа дал знак — страдальцы обнялись, взаимным поцелуем запечатлели вечную разлуку на земле… и голова Искры покатилась по желтому песку. Облобызав еще раз окровавленное чело друга, Кочубей возвел очи к небу, осенил себя крестным знамением и, будто на руку милой супруги, опустил голову на плаху; в это время сдернули покрывало с изумленной Марии, несчастная ахнула, громко вскрикнул народ, топор звякнул — и добродетельного не стало!»