В годы изгнания Гус жил на родине. В то время он много и часто выступал перед простым людом. Крестьяне из окрестных сел сходились послушать его пламенные слова. «Я выступаю теперь около изгородей, на дорогах и проселках», — писал Гус. Его проповеди всегда находили горячий отклик в сердцах слушателей. И не удивительно: Ян Гус умело пользовался ярким, метким народным языком, широко употреблял поговорки и доступные простым крестьянам примеры и сравнения.
В период изгнания Гус завершил большой труд «О церкви». Содержание этого произведения значительно шире заглавия: в нем идет речь о всей жизни человека. Однако выбор заглавия был не случаен — ведь в то время церковь господствовала во всех областях жизни, а религия сковывала и контролировала всю умственную деятельность людей. Если формально труд Гуса не выходил все же за рамки богословия, то его содержание свидетельствовало о полном разрыве чешского проповедника с католической церковью.
Подводя итоги своей многолетней борьбы и деятельности, великий сын чешского парода посягнул на священную сущность католицизма — на власть церкви и авторитет римского папы.
Гус отрицал необходимость папской власти, подвергал беспощадной критике всю организацию католической церкви и выдвигал положение о том, что искреннее религиозное чувство и вера важнее, чем строгое выполнение многочисленных обрядов. Все это привело позднее последователей Гуса к выводу о том, что и без содействия церкви, без попов и епископов можно добиться столь желанного для верующих «спасения души».
Большое значение имело выдвинутое Гусом учение об условном повиновении властям. Сущность этого учения заключалась в том, что Гус говорил о праве подданных пе повиноваться своим господам, если последние требуют того, что несовместимо с истинной верой или если они вообще ведут «неправедный» образ жизни. Это учение подрывало власть феодалов и было впоследствии использовано продолжателями Гуса в их борьбе против католической церкви и феодальных порядков.
Критикуя католические догмы и поведение представителей католической церкви, Ян Гус смело выступил и против церковного учения, гласившего, что будто во время причастия хлеб превращается в «тело Христово», а вино — в «кровь Христову». На этом основании церковники приписывали себе особую творческую силу — ведь во время освящения причастия они создают плоть и кровь самого бога! В одном из своих произведений Гус остроумно издевался над попами: «…пусть, — писал он, — поп возьмет на помощь всех своих товарищей и пусть все вместе сотворят хотя бы только одну гниду — тогда и я назову их творцами». Этими словами Ян Гус срывал покровы святости с одного из главных обрядов христианства.