17 июля 1943 года совершил первый полет модернизированный бомбардировщик Ту-2С. Главным его отличием стали двигатели М-82ФНВ (в серии именовавшиеся М-82ФН) с непосредственным впрыском. Кроме того, провели большую работу, направленную на упрощение конструкции и снижение трудоемкости производства. В частности, уменьшили длину магистральных трубопроводов, электропроводки, упростили электросистему в целом, сняли часть дублирующих приборов, уменьшили число топливных баков. Уменьшили число пулеметов до трех, но при этом заменили ШКАС на 12,7-мм УБТ, при этом в составе вооружения сохранялись две 20-мм пушки ШВАК.
На испытаниях самолет показал скорость у земли – 528 км/ч, на высоте 5050 м – 568 км/ч.
В июле 1943 года решением ГКО выпуск Ту-2 М-82ФН на заводе № 23 был утвержден.
Освоение производства шло тяжело – первые машины, полностью построенные в Москве без использования предварительного «задела», были выпущены уже в январе 1944 года. Велика была и доля брака – в том числе из-за двигателей.
Создававшийся как пикирующий бомбардировщик на практике в этом качестве Ту-2 практически не использовался. Он как правило, не имел специального прицельного оборудования, а после возобновления выпуска были сняты и тормозные решетки, и Ту-2 применялся в качестве «горизонтального» дневного бомбардировщика. Однако и в этом качестве самолет отлично себя зарекомендовал. Особенно эффективными были удары по оборонительным сооружениям противника с применением бомб калибра 500 и 1000 кг, что продемонстрировали уже во второй половине 1944 года экипажи оснащенной новейшими бомбардировщиками действовавшей на Ленинградском фронте, позже принимавшей участие в операциях 334-й бад.
Являясь одним из лучших советских бомбардировщиков, тем не менее по-настоящему массовым боевым самолетом ВВС РККА Ту-2 так и не стал. Численность этих самолетов была сравнительно невелика – на начало 1945 года во фронтовой авиации имелось 278 Ту-2, что составляло всего около 10 % от общего числа советских бомбардировщиков (не считая По-2).
Ту-2 выпускался до 1947 года. Всего было произведено более 2500 самолетов, в том числе 1179 в годы войны (боевые потери составили 62 машины). Бомбардировщик оставался на вооружении вплоть до 1963 года.
Одной из особенностей Ту-2 образца 1943 года являлась предполагаемая возможность выпуска на его базе с минимальными доработками специализированных модификаций, в том числе дальнего бомбардировщика, пикирующего бомбардировщика, разведчика и учебного самолета.
Задача по созданию дальнего бомбардировщика «103Д» впервые ставилась перед Туполевым еще в ноябре 1941 года. Проект отличался большим размахом крыла и увеличенным запасом топлива, в качестве силовой установки рассматривались сперва двигатели АМ-37 и авиационные дизели М-40, затем М-82 и опытные двигатели воздушного охлаждения М-92 максимальной мощностью до 2150 л.с.